問題タブ [hclust]

ggdendroプロットにラベルを追加するにはどうすればよいですか？？dendro_dataを読んだところ、「labels」という呼び出しを使用することになっていることがわかりましたが、実際の実装の例を見つけることができません。以下の例に葉のラベルを追加する方法を誰かに教えてもらえますか。ありがとうございました

R は初めてです。hclust を実行してクラスター メンバーシップをエクスポートしようとしています。私は以下を使用しました。これは正しいですか、それとももっと良い方法がありますか?

ありがとうR

と呼ばれるRパッケージを使用して階層的クラスタリングを行っています。これは、ブートストラップを組み込んで、取得したクラスターの有意水準を計算することpvclustで構築されています。hclust

3次元と10個の観測値を持つ次のデータセットについて考えてみます。

単独で使用する場合hclust、クラスタリングはユークリッド測度と相関測度の両方で正常に実行されます。

ただし、で設定されたそれぞれを使用する場合はpvclust、次のようになります。

...次のエラーが発生します。

• ユークリッド：Error in hclust(distance, method = method.hclust) : must have n >= 2 objects to cluster
• 相関関係：Error in cor(x, method = "pearson", use = use.cor) : supply both 'x' and 'y' or a matrix-like 'x'。

なお、距離はによって計算されるpvclustため、事前に距離を計算する必要はありません。hclustまた、方法（平均、中央値など）は問題に影響を与えないことに注意してください。

データセットの次元を4に増やすと、正常にpvclust実行されるようになりました。pvclust3次元以下でこれらのエラーが発生するのに、発生しないのはhclustなぜですか？さらに、4次元を超えるデータセットを使用すると、エラーが消えるのはなぜですか？

I'm new to R. I'm trying to run hclust() on about 50K items. I have 10 columns to compare and 50K rows of data. When I tried assigning the distance matrix, I get: "Cannot allocate vector of 5GB".

Is there a size limit to this? If so, how do I go about doing a cluster of something this large?

EDIT

I ended up increasing the max.limit and increased the machine's memory to 8GB and that seems to have fixed it.

大きなデータを使って樹状図を作ろうとしています

私は統計、phyclustライブラリ、

hclust正常に動作し、プロットでき、適切にプロットされます。関数を使用した後as.dendrogram、エラーは発生しません。しかし、私がどちらかをするとき：

• それをプロットしてみてください
• 関数を適用するために使用dendrapplyします。

それは言う：

as.dendrogramが大きなデータセット（〜30000）を処理できないという問題はありますか？もしそうなら、それに代わるものはありますか？

hclust関数の出力から樹状図を描画しようとしています。樹状図がデフォルトではなく水平に配置されていることを願っています。これは（たとえば）によって取得できます。

as.dendrogram()のような関数を使用しようとしましplot(as.dendrogram(hc.poi),horiz=TRUE)たが、結果には意味のあるラベルがありません。

plot(hc.poi,labels=c(...))を含まないwhichを使用するとas.dendrogram()、引数を渡すことができlabels=ますが、樹状図は水平ではなく垂直になります。樹状図を水平に配置し、ユーザー指定のラベルを割り当てる方法はありますか？ありがとう！

更新：USArrestsデータセットの例として、州名の最初の2文字の略語をラベルとして使用して、何らかの方法labsでプロット関数に渡したいとします。

labs = substr(rownames(USArrests),1,2)

これは

R でコマンド hclust を使用してデンドログラムをプロットすると、高さというラベルの付いた y 軸が得られます。ただし、下の画像のように、この軸にデータセット内のグループ間の類似性レベルをラベル付けしたいと思います。どうすればこれを達成できますか？

最小限の例を次に示します。

と同じ形式を使用して、リストモードの R オブジェクトを出力できると便利だと思いますstr.dendrogram。私はそのような機能を独自に作成しましたが、労力を複製しても意味がありません。それで、すでにこれを行っているパッケージを知っている人はいますか? または、実際にクラスター化することなく、任意のネストされたリストから偽の樹形図または hclust オブジェクトを簡単に作成する方法はありますか?

ありがとう。

Rでクラスターをグループに割り当てる最も簡単な方法は何ですか? 使用される関数は次のとおりです。

hclust と cutree。

基本的には、cutree の下に作成されたクラスターの 1 つをオブジェクトに割り当てたいと考えています。

ありがとう！