問題タブ [mahalanobis]

次の簡単なコードを使用してマハラノビス距離を計算しようとしています:

しかし、次のようなエラーが表示されました。

何が起こっているのかよくわかりません。提案をありがとう。

20000 行を超える元のデータセットを扱っています。これの要約版は以下のようになります

私の目標は、以下に示すように Match1 という列を作成することです

値 g1r1-g2r3、g1r2-g2r1、g1r3-g2r2 の背後にあるロジックは次のとおりです。

最初のステップでは、マハラノビスまたは単純な距離法に基づいて、Group1 と Group2 の行間に距離行列が生成されます。sqrt((x2-x1)^2 + (y2-y1)^2 + (z2-z1)^2)

2 番目のステップでは、各行の最小または最小距離を見つけます。

行 、Row1-Group1 および Row3-Group2 が最小距離 0.0083 になるため、列Match1の値は g1r1-g2r3 になります。同様に、g1r2-g2r1 は、Row2-Group1 と Row1-Group2 が最小値 0.8538 になるためです。0.0329 は距離行列の最後の行の最小値ですが、0.0329 を選択すると Row3-Group1 と Row1-Group2 がペアになり、Row1-Group2 は既に Row2-Group1 とペアになっているため、この値をスキップして次に小さい値 0.0340 を選択しました。であるため、次に小さい値 0.0340 を選択すると、g1r1-g2r3 になります。

3 番目のステップでは、ステップ 2 で一致した観測に基づいて平均生存率を計算します。

これらの手順をプログラムでつなぎ合わせる方法がわかりません。提案をいただければ幸いです。または、これらすべての部分を効率的にまとめるのに役立ちます。