問題タブ [mahotas]

こんにちは、pythonを使った画像処理の学習を始めたばかりです。ネットからダウンロードした画像を開こうとすると、このエラーが発生し続け、解決方法がわかりません。誰でもこれで私を助けてもらえますか?

いくつかの大腸菌を示すいくつかの顕微鏡明視野画像をセグメント化しようとしています。私が取り組んでいる写真は、これに似ています (これが位相差で得られたとしても):

私の問題は、セグメンテーション関数 (以下の OtsuMask) を実行した後、分裂しているバクテリアを区別できないことです (サンプル画像で以下のコードを試すことができます)。これは、2 つの異なるラベル付き画像ではなく、端で結合された 2 つのバクテリアに対して 1 つのラベル付き領域を取得することを意味します。2 つの分裂しているバクテリアの間の境界は狭すぎて、しきい値処理された画像に対して実行する形態学的操作によって強調表示できませんが、私の目標を達成する方法があるに違いないと思います。

アイデア/提案はありますか？

OtsuMask のコードの最初の部分は、平面フィッティングと減算で構成されています。

Python 用の Mahotas パッケージの使用に興味がありますが、残念ながら、インストールまたは実行で問題が発生しています。私が実行すると：

私は得る：

したがって、正しくインストールされていると思います。ドキュメントから簡単な例を複製しようとすると、次のメッセージが表示されます。

私はMacで作業しているので、提案どおりに実行します：

それは私に与える：

と

だから私には、エラーメッセージが私に言ったように imread をインストールしたようです。しかし、私は同じメッセージを受け取り続けます..

これを解決する方法を知っている人はいますか？すべてのヘルプは大歓迎です!

Python を使用して、白い表面にあるオブジェクトの数を検出しようとしています。この投稿の最後にサンプル画像があります。

主に背景が白で、ほとんどの場合前景として検出されるため、これをどのように行うべきか疑問に思っています。

このチュートリアル ( http://pythonvision.org/basic-tutorial )に基づいて Python で現在持っているものは、いくつかのライブラリを使用し、オブジェクトとして白を検出するため、カウントは 1 であり、ツールは背景として検出されるため、無視されます。

白い部分を背景に、ツールを前景にするオプションはありますか?

前もって感謝します！

画像例:

赤が前景で青の背景のセグメント化された画像 (いくつかのツールの結合は問題ではありません):

この質問は、私の 2 つの以前の質問へのフォローアップのようなものです: Python Image tutorial works、他の画像の動作が異なります (Pylab で画像を表示)、およびDetect objects on a white background in Python。

私が達成しようとしているのは、白い背景にある個々のオブジェクトの数をプログラムでカウントできるようにすることです。他の2つの投稿に見られるように、私はこれをある程度達成することができました. この時点で、画像に影がほとんどない状態でオブジェクトの数を数えることができます。私が分析しようとしている画像 (この投稿の下部) には、オブジェクトが結合して 1 つの個別のオブジェクトとして表示される原因となる影がいくつかあります。

影を取り除く簡単な方法が必要です。すでに scikit-image で適応しきい値処理を試しました ( http://scikit-image.org/docs/dev/auto_examples/plot_threshold_adaptive.html#example-plot-threshold-adaptive- py )、しかし、いくつかの問題に出くわしました ( https://imgur.com/uYnj6af )。これを機能させるための複雑すぎない方法はありますか？以前の投稿にはすでに多くのコードがありますが、追加のコードを見たい場合はお知らせください。

前もって感謝します。