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次のフォルダーにある DICOM (.dcm) ファイルを読み取ろうとしています。

/rsna-pneumonia-detection-challenge/stage_2_train_images/

ファイルは読み取り可能で、pidicom ライブラリを使用して表示できます。ただし、Keras ImageDataGenerator を使用してトレーニング パイプラインのファイルを読み取ると、次のエラーが発生します。

「UnidentifiedImageError: イメージ ファイル <_io.BytesIO object at 0x7f90a47e3b80> を識別できません」

エラーの詳細からわかるように、Python PIL (Pillow) はファイル形式 ".dcm" を識別できません。

2 つの洞察が必要です。

1. 最初にこれらのファイルを「.png」などの他の形式に変換する必要なく、Keras ImageDataGenerator を使用してトレーニング パイプライン用の DICOM ファイルを読み取ることは可能ですか? 「https://medium.com/@rragundez/medical-images-now-supported-by-keras-imagedatagenerator-e67d1c2a1103」で次のブログを読みましたが、驚くべきことに「.PNG」を例として使用しています。

2. 最初に DICOM ファイルからピクセル情報を抽出し、バッチをトレーニング パイプラインにフェッチするカスタム ジェネレーターを作成することは可能ですか?

どんな助けでも大歓迎です。

私のコードとエラーメッセージを以下に示します。

エラー：

肝血管セグメンテーションにFrangi フィルターを使用しています。問題は、そのデータが等方性でないことです [1,1,1]。リサンプリングできます。より多くのスライスが作成されますが、ピクセルが失われ、それほど正確ではありません。

Hessian関数が計算されるスクリプトのFrangi関数（skimage関数）で直接変更できる可能性があることがわかりました。しかし、それでも間隔として設定する必要がある値がわかりません。

いくつかの結果が得られましたが、z 方向のスクイーズ画像で計算しているため、正しくありません。

ご協力ありがとうございました。

imshow(im16, [WC-WW/2,WC+WW/2]);操作を新しい変数に保存したい。特定の範囲を表示している画像ですが、使用したくありませんimshow()。操作 WC-WW/2、WC+WW の特定の範囲の強度ウィンドウの結果で新しい画像を保存したいだけです。 /2.

Matlab (png 形式) で CT 画像を操作し、ウィンドウの幅とウィンドウのレベルを調整しています。

画像を表すnumpy配列があります。画像には、オレンジ (背景)、青 (object1)、緑 (object2) の 3 色があります。3 つの値 (0、1、2) を使用して、numpy 配列の 3 つの色を示します。2 つのオブジェクトが重なっていません。

私の質問は次のとおりです。どのオブジェクトが画像の中心 (赤い点) に近いかを知るにはどうすればよいですか? (ここで、より近いとは、オブジェクトから 1 つのオブジェクトの画像の中心までの最も近い距離が、オブジェクトから他のオブジェクトの画像の中心までの最も近い距離よりも小さいことを意味します)

私のコードは次のようなものです：

上記のコードは機能しますが、速度が遅く、非常に大きなメモリ (約 30 GB) が必要です。PC で私のコードを再現したい場合は、(3200, 1200, 1200) の代わりに小さい形状を使用できます。私の目標を達成するためのより効率的な方法はありますか?

注: 実際には、私の画像は 3D CT 医療画像であり、大きすぎてアップロードできません。画像内のオブジェクトはランダムで、凸状である場合もそうでない場合もあります。それが私の実装が非常に遅い理由です。ここで私の質問を明確にするために、2D 画像を使用して私の方法を説明します。