問題タブ [mpi4py]

Python スクリプトから単純なシェル スクリプトを実行しようとしたときに、非常に奇妙なエラーが発生しました。スクリプトは、最初のノード (rank=0) によってのみ実行されます。簡単な例:

結果：

どうしたの？何か案は？

事前にThx

次のエラーメッセージの解決策/理解に向けて誰かが私を導くことができれば幸いです:

ubuntu ソフトウェア センターを使用して h5py をインストールしました。(h5cc -showconfig を実行したところ、並列 HDF5 が有効になっていることがわかりました。)

ubuntu 13.04の仮想デスクトップで有効になっているコアが1つだけで、コア2デュオを搭載したMacBook Airで実行しています。

mpi4py.MPI.COMM_SELF.SpawnAnaconda の Python ディストリビューションを使用するとエラーが発生するようです。私の質問はmpi4py、何らかの方法で Anaconda のインストールで間違ったバージョンの MPI (mpich v openmpi) に対してビルドされている可能性があるかどうかです。

問題は、次のコード

次のエラーが発生します

Anaconda'smpi4pyは mpich を使用していると思います。システムpythonを使用すると動作します。

システムmpi4pyは openmpi を使用します。mpi4pyAnaconda で競合する MPI バージョンを使用してビルドすると、問題が発生する可能性はありますか?

また、呼び出しmpi4pyの下で実行すると、パッケージは Anaconda で正しく機能するようです。mpirun例えば

あげる

MPI.Op クラスを使用して、そのインスタンス (この場合は MPI.SUM) で表される操作を実行したいと考えています。

これが私のスニペットです：

しかし、実行しようとすると、次のトレースバックが表示されます。

私はpythonが初めてなので、ある種の簡単な間違いを犯している可能性がかなりあります。何かご意見は？

Python 2.6.6 を使用しています。

私は MPI ルーチンを使用するのに比較的慣れていないため、以下のコードで、使用するノードの数に応じて異なる結果が得られる理由について混乱しています。

コード：

このコードを 1 つのノードと 2 つのノードで実行しました。1 つのノードから得た答え: 0.800000153016 2 つのノードから得た答え: 0.800000035219

この不一致の原因は何ですか?

(追記として、MPI_sum のすべての x 配列データを root=0 に渡し、次に root=0 で合計すると、正しい答えが得られました。ノードの数に関係なく同じ出力が得られました。ただし、すべてを渡す1 つのノードへのデータは、これを実装するコードでは実用的ではありません。)

助けてくれてありがとう！

MPIPython で使用しようとして問題が発生しましたWindows 7, 64bit.

私はPython3.4をダウンロードし（2.7でも試しました-同じエラー）、ここからライブラリをインストールしました：http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#mpi4py (mpi4py‑1.3.1.win32‑py3正確には.4.exe)。そして、このコードを進めると:

次のエラーが表示されます: http://i.imgur.com/pzKoAqc.png

**d:**\build\mpi4py..."私のコンピューターには d:\ というパーティションがないため、パスが " である理由はよくわかりません。

これは長い質問なので、最初に要約します。

私は並列プログラミングとグリッド システムの初心者です。アカウントを持っているグリッドでhttp://jeremybejarano.zzl.org/MPIwithPython/introMPI.htmlの最初の例を実行したいと思います。メンテナによって提供された C の例があります。私はそれを実行できます。しかし、Python バージョンでは、ランクがすべてゼロになります。何が問題なのですか？

質問の長いバージョン：

このコードは、実行に時間がかかる python 2.7 (+numpy+matplotlib+mayavi) で記述されています。私はいくつかのグリッドにアカウントを持っているので、そこにコードを移動し、試行が完了するのを待つ時間を減らしたいと考えています。

残念ながら、私は並列処理やグリッドなどに不慣れです。また、グリッドの管理者権限もありません。

一部のドキュメントが提供されています。システムは SLURM を使用します。スバッチファイルを用意し、 でジョブを送信しますsbatch filename。C で書かれたこの helloworld プログラムの例があります。

そして、管理者が提供するそれを実行するための slurm ファイル:

までに提出できますsbatch helloworld.slurm。最後に、0 から 3 までの「hello worlds」が表示されます。たとえば、ランクはプロセスごとに異なる値を取ります。良い！

問題は、Python で書かれたサンプル プログラムがないことです。システムの python は古いです: 2.6.x。そこで、anaconda ディストリビューションをダウンロードして、ユーザー空間にインストールしました。上記の helloworld.slurm の例を適応させようとしました。ここで helloworld の例を実行したいと思います: http://jeremybejarano.zzl.org/MPIwithPython/introMPI.html。ジョブを送信できますが、出力ファイルからわかるように、すべて同じランクの helloworld を取得します。たとえば、これは異なるプロセスでは実行されないようです。

注: C バージョンでも同じエラーが発生しますが、それでも実行され、異なるランクが生成されます。

ハローワールド python バージョン:

Python Hello World の slurm ファイル (main.py)

生成されたエラー ファイル:

出力ファイルは次のように生成されます。

それで、問題の原因は何でしょうか？どうすれば解決できますか？

私は明らかに管理者にメッセージを送信しましたが、彼はまだ応答していません。

Python で MPI (mpi4py) を使用して画像操作をしようとしています。これまでの私のコードは次のとおりです。

で実行しようとすると

それは正常に動作します。しかし、プロセッサの数を増やそうとすると、次のエラーが発生します

Virtual Box を使用して、Ubuntu 仮想マシンでコードを実行しています。あなたの助けに感謝！

Python (mpi4py) を使用して MPI プログラミングを作成しています。多くのプロセスは部分的な結果を計算し、インデックスと更新の両方をマスター タスクに送信します。すべてのデータを収集する私のコードは次のように与えられます

しかし、ここには多数のプロセッサの結果に影響を与える競合状態があります.どのデータが異なるプロセスからのものであるかという状況があるかもしれませcb[neww]=cb[neww]+newdeltawん. これを防ぐにはどうすればよいですか？newsnewdeltaw