問題タブ [netcdf4]

フォルダに多数の NCDF ファイルがあります。rasterおよびncdf4パッケージを使用して、それらをラスターブリックに抽出しようとしています。各 NCDF ファイルを個別に抽出すると、機能します。ただし、 for ループを使用してすべてのファイルを抽出しようとすると、エラーが発生します。

as.integer(nl) のエラー: タイプ 'S4' をタイプ 'integer' のベクトルに強制できません

と を別々に見るとr、それらは同じ範囲を持っているように見え、両方ともラスター レンガ タイプです。r1

助けてください。

Linux (Ubuntu 15.10) でいくつかの Anaconda/Python パッケージを更新する必要がありました。その結果、今まで見たことのない次のエラー メッセージが表示されます。

このエラーは、Python スクリプトで Fortran ベースのプログラムを呼び出すときに発生します。ただし、Python を使用せずにまったく同じプログラムを実行すると、すべてが完全に正常に動作します...

更新後にプログラムを再コンパイルしましたが、何も変わりませんでした。

ここで何が起こっているのか、誰にも手がかりがありますか?

foll を含む netCDF ファイルがあります。ncdump:

data_arrayグループ内の最後の変数を抽出するにはどうすればよいですか? を使用すると、次のようncksにすべてを抽出できます。data_array

ncks -v data_array test_nc.nc output_nc.nc

ただし、 で N=3 に対応する変数のみを抽出したいdata_array。python netCDF4 または nco ツールを使用するソリューションはすべて機能しますが (cdo は使用しません)、Windows でも機能する必要があります。

このhttp://www.unidata.ucar.edu/software/thredds/current/netcdf-java/tutorial/NetcdfWriting.htmlに従って、データセット モデルから Netcdf-4 ファイルを書き込もうとしています。 :

しかし、生成されるのはPermission denied エラーだけです。このチャンクで、いっぱいになったデータセットから .nc4 ファイルを書きたいと思っていました。それ以外の書き方がわかりません。Netcdf nc_inq_libvers=4.4.1.1 を使用しています

ありがとう！

16 年 (1998 年 - 2014 年) 相当の日降水量 (5844 層) を含む 1 つの netCDF ファイル (.nc) があります。3 つの次元は、時間 (サイズ 5844)、緯度 (サイズ 19)、および経度 (サイズ 20) です。R で各ラスターセルを計算する簡単な方法はありますか。

• 月間・年平均
• 累積比較 (たとえば、すべての 1 月から 3 月の平均と 1 月から 3 月を比較)

これまでのところ、私は持っています:

私の最初の課題は、各ラスター セルの月平均の計算です。究極の目標（累積比較）を念頭に置いたまま、どのように進めるのが最善かわかりません。特定の月の日付のみに簡単にアクセスするにはどうすればよいですか?

うまくいけば、質問が明確になりました。正しい方向への最初のプッシュは大歓迎です。サンプルデータはこちら

複数の for ループの組み合わせに問題があります。そのうちの2つを例に挙げて、組み合わせたいと思います。2 つでそれを行う方法を知っていれば、複数のループで行うこともできます。

誰かがこれをlapply関数として書く方法を知っていれば、それもいいでしょう。

結合しようとしたがうまくいかなかった方法：

私はすでに私の問題を解決しました。下記参照。しかし、上記のように 2 つの for ループをどのように解決できるのか、まだ興味があるので、質問は未回答のままにしておきます。

これが私の解決策です：

これは私の側のインストールの失敗であることを認識しており、この面白くも重要でもない質問をあなたの足元に置いて申し訳ありませんが、私の人生では、何が問題なのかを理解することができず、アイデアが尽きる。誰かがすぐに明白なことを指摘できることを願っています。

(Kern の line_profiler を使用して) Python スクリプトをプロファイリングしようとしていますが、スクリプトは netCDF4 モジュールをロードする必要があります。line_profiler と netCDF4 の両方を pip でインストールしました。インストールされているパッケージのリストの pip をキューに入れると、両方とも存在し、更新されていると報告されます。

プロファイラーを使用しなくても、スクリプトは問題なく実行されます。つまり、netCDF4 モジュールが適切に読み込まれます。ただし、「myscript」ディレクトリから「kernprof -l -v myscript.py」を実行すると、次のエラーが発生します。

/opt/local/bin/python のインストールから Python を実行しています。これは、PATH の最初にリストされています。

では、いずれにせよ、設定したデフォルトの Python バージョンが PATH の最初に表示されるものと同じであり、そのデフォルト バージョンが netCDF4 モジュールにアクセスできる場合、なぜ line_profiler にアクセスできないのでしょうか?

頭の体操として、ドキュメントとメーリング リストのアーカイブをしばらく検索しましたが、この集約を処理するために必要な手順をまとめるのに苦労しています。

CFSR 1 時間データ ファイル データはこちらから: http://rda.ucar.edu/datasets/ds094.0/

1 時間ごとのファイルは 2 つの時間ディメンションを宣言します。1 つは境界が設定されており、もう 1 つは設定されていません。

問題は、データセットを作成するたびに、異なる時間別ファイルが 2 つの時間ディメンション名の名前を交換することです。そのAggregationExistingため、たとえば 0300 ファイルの u-component_of_wind_isobaric 変数では、代わりに time1 が宣言されているため、特定のファイルの次元名 'time' を見つけることができません。

私が呼んでいるコード：

2 つのファイルに示された時間ディメンション名の問題:

これは私の最初の NetCDF ライブラリの使用であるため、この癖を持つこれらのデータセットをマージするための前処理ツールを購入しています。たとえば、すべての変数を同じ時間ディメンションに移動して名前を変更できますか? 私が見逃した例へのリンクでも役に立ちます。それ以外の場合は、手動でディメンションを打ち消し、 readDataSlice() を使用してデータを新しいマージされたファイルに手動でコピーすることを検討すると思います。