問題タブ [netcdf]

Unidata IDV を使用して、OPeNDAP 経由で Galveston Bay の NOAA CO-OPS 海洋モデル nowcast にアクセスする場合:

http://opendap.co-ops.nos.noaa.gov/thredds/catalog/NOAA/GBOFS/MODELS/201302/catalog.html?dataset=NOAA/GBOFS/MODELS/201302/nos.gbofs_hsc.fields.nowcast. 20130201.t09z.nc

「データ ソースの作成中にエラーが発生しました」というエラー メッセージが表示されます。彼らのOPeNDAP データ フォームから、NetCDF Climate and Forecast (CF) Metadata Conventionsの多くが満たされているように見えますが、明らかにすべてではありません。

何が欠けているか、間違っているか誰か知っていますか？

R で netCDF ファイルのバッチのメタ データをチェックしています。SO ではファイルのアップロードが許可されていないように見えるため、単純化された netCDF ファイルの例のヘッダーを以下に添付しました。

基本的には、変数のいくつかの属性、たとえば「no2」の「standard_name」、「long_name」、「units」を一度にベクトルに取得しようとしました。ただし、att.get.ncdf()パッケージncdfでは一度に 1 つしか許可されていないようです。コードを繰り返してより多くの属性を取得するのはかなり面倒で骨の折れる可能性があるため、もっときちんとした方法があるに違いないと思いますが、Googleで見つけることができませんでした. 誰かが私と彼らの経験を共有してもらえますか?

どうもありがとう！

概要:に経度緯度マップをlattice::layerplot表示でき、 にランベルト正角円錐 (LCC) マップを表示できますspam::image。にLCCマップを表示するにはlattice::layerplot？やってはいけないことの例を以下に示します - 修正の支援を歓迎します (または単にデバッグするだけでも)。

詳細：

私はトレリス グラフィックスを ( および を介して) 使用しlatticeExtraてrasterVis、投影されていない lon-lat グローバル大気データを正常に表示しました。特に、これらのプロットをマップに重ねることができます。これは、私が行っている種類の作業に不可欠です。ただし、現在、LCC を投影した一部の地域データには使用できません。データ プロットですが、オーバーレイするマップを取得できません。これはもっと大雑把な方法で行うこともできますが、または同様の方法 (例: )で行う方法を知りたいと考えています。ほぼ自己完結型の例を 2 つ以下に示します...しかし、これを行う方法を既に知っている場合は、お知らせください。デバッグは省略します。（私はプロジェクトにかなり遅れています。）ggplotggmaplattice::layerplotlattice/rasterVisggplot/ggmap

netCDF データ にはCRAN package=M3ozone_lcc.ncが付属しています ... ただし、M3 はそれを次のように提供します。

そのファイル拡張子 ( ) は現在、 CRAN package=raster.ncfで問題を引き起こしています (この投稿を参照してください)。そのファイルの名前を変更する (そして現在の作業ディレクトリに置く) か、そのファイル(270 kB) だけをダウンロードするか、M3 tarballから取得することができます(ただし、名前を変更することを忘れないでください!)。

次に、次の例のいずれかを実行できます (ただし、(IIRC) Windows を実行していない場合、package=M3はビルドされません (ただし ICBW))、必要に応じてシステムに合わせて定数を変更します。例 1 は、(以前の経験から) araster内の a で動作することがわかっている型のマップを生成しlevelplotます。ただし、この場合、マップとデータ/ラスターの座標値は一致しません。例 2 は古いスタイルのベース グラフィックを使用し、実際にはデータとマップの両方をプロットします。残念ながら、私はそれが生成するような地図をlevelplot. rasterこのコードを、 andを使用する他の多くのコードで動作させたいのでlevelplot、それは問題です。

例 1: 次のような出力を生成します

例 2: 次のような出力を生成します

しかし、単純な行列 (その他、しかしそれほど多くはありません) から返されM3::get.map.lines.M3.proj たものSpatialLinesから取得する方法がわかりません。(私はトレリスのドキュメントがかなり不可解であることに気付くのに十分な初心者です。) さらに、上記の IOAPI 変換を手動で行うことは避けたいと思います (ただし、古いスタイルのグラフィックスのフープを飛び越えるよりも、そうする方が確実です)。 ）。sp::sp.lineslatticeExtra::layer

実際に多くの属性と変数を含むnetcdfファイル内の単一の変数を処理する必要があります。NetCDFファイルを更新することはできないと思います（Scientific.IO.NetCDF.NetCDFFileの変数を削除する方法についての質問を参照してください） 。

私のアプローチは次のとおりです。

1. 元のファイルから処理する変数を取得します
2. 変数を処理する
3. 元のnetcdfからすべてのデータをコピーしますが、処理された変数を最終ファイルにコピーします
4. 処理された変数を最終ファイルにコピーします

私の問題は、ステップ3をコーディングすることです。私は次のことから始めました。

データの構造全体を再構築せずに、すべてのデータと属性を一握りのコードで保存するにはどうすればよいですか？

私は PyPy に緑色で、Python コードを解釈するために PyPy1.9 を使用しています。

ご存じのとおり、CPython インタープリターは、C/C++ コードからコンパイルされた .so ファイルにパッケージ化されたモジュールをインポートできます。

しかし、PyPy1.9 インタープリターは、.so ファイルでモジュールを見つけることができないと教えてくれました。私のコードは少し遅く、パフォーマンスを最適化したいのです。助けて!!

いくつかの netcdf ファイルがあります。各 nc ファイルにはいくつかの変数があります。「Soil_Moisture」と「Soil_Moisture_Dqx」の 2 つの変数だけに関心があります。

「Soil_Moisture_Dqx」に基づいて「Soil_Moisture」をフィルタリングしたいと思います。対応する「Soil_Moisture_Dqx」ピクセルの値が 0.04 より大きい場合は常に、「Soil_Moisture」の値を NA に置き換えたいと考えています。

:ダウンロードするファイルは次のとおりです。

1- このループを試してみましたが、f[1] または f[2] と入力すると、ループが正しくないという奇妙な結果が得られました。

2- 誰かもう一度書いてくれませんか?

一連の netcdf ファイルに格納された海洋モデルからの 1 時間ごとの出力が、毎月 1 つずつあります。

月の最初と最後の時間を各ファイルに保存します。NcML を使用してこれらのファイルを集約したいのですが、集約で重複した時間値を取得したくありません。

これを達成する方法はありますか？

wgrib2のようなファイルを に変換しgrib、grib2フォーマットをファイルに変換するソフトウェアがあることは知っていますがNetCDF、別の方法で変換する必要があります。NetCDFgrib2grib2

1 つの解決策は、NetCDF4-Python ライブラリ(またはその他) を使用してNetCDFファイルを読み取り、 pygribを使用してgrib2.

より良い方法はありますか？

私は GrADS でモデル実行 (netcdf ファイル) のプロットを作成する作業を行っており、このプログラムは初めてです。複数の画像をメタデータ (アニメーションからのすべての画像) に一度に 1 つずつ送信する必要なく送信する方法を見つけようとしています。

もう 1 つの方法は、画面上のアニメーションを遅くすることです。

私ができる限り試してみてください、plyrを機能させる方法がよくわかりません。この特定の例の助けと、例が機能する理由の説明に対するボーナスポイントをいただければ幸いです。

誰かがこの例を「実行可能」にしたい場合に備えて、データはここにあります

設定：

この for ループは機能しますが、遅く、並列ではありません。

私はこのようなことをしたい:

実行すると、次のエラー メッセージが表示されます。

plyr は、個々の値ではなく、ベクトル全体を関数に渡しているようです! これを機能させる方法についてのアドバイスと、修正が機能する理由の説明をいただければ幸いです。

前もって感謝します！