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python - Python でボクセル サイズと対応する 3D ボリュームのアフィンを Nifti 形式で編集して保存するにはどうすればよいですか?
一部の 3D ボリュームのボクセル サイズを変更しています。pixdimフィールドを編集して新しい を計算するにはどうすればよいaffineですか?
異方性の MR ボリュームがいくつかあります。ボクセル サイズは、たとえば0.5 x 0.5 x 3mm です。0.5 x 0.5 x 0.5そして、それらを等方性 ( mm ボクセル サイズなど) のボリュームに補間するコードがいくつかあります。問題は、ファイルを保存する必要がある場合です。アフィンを計算して、ijk 空間の高密度ボクセルをマップし、xyz 空間を参照する必要があります。それ、どうやったら出来るの？
まず、私の考えでは、古いアフィンを使用して、新しいアフィンを計算します。
たとえば、ボリューム V がボクセル サイズの256 x 256 x 20ボクセルの形状を持ち、0.5 x 0.5 x 3ボクセル サイズのボリューム U256 x 256 x 120ボクセルに補間される0.5 x 0.5 x 0.5場合。
古いアフィンで十分[255 255 19]OA = [X Y Z]であり、新しいアフィンで十分[255 255 119]NA = [X Y Z]ですAX=B X=inverse(A)B。
したがって、新しいアフィンは になりますinverse([255 255 119])[X Y Z]。ただし、逆行列は正方行列に対してのみ存在します。のようなことはありませんinverse([255 255 119])。
set_voxel_sizeそして、 python-nibabel matlab-nifti-toolbox などには機能がないようです。それはどのようにケースですか？
ボクセル サイズを明示的に変更するにはどうすればよいですか?