問題タブ [opendap]

OPenDAP というオープンなオンライン データベースから netcdf ファイルをダウンロードして開こうとしています。OPenDAP のサーバー データセット アクセス フォームから直接データファイルをダウンロードし、ファイルに「MUR_JPL_L4_GLOB_opendap.nc.nc4」という名前を付けると、R Studio でデータを正常にダウンロードして表示できます。

さらに、データ アクセス フォームのデータ URL をブラウザに直接挿入すると (たとえば、「http://podaac-opendap.jpl.nasa.gov/opendap/allData/ghrsst/data/GDS2/L4/GLOB/JPL/ MUR/v4.1/2009/009/20090109090000-JPL-L4_GHRSST-SSTfnd-MUR-GLOB-v02.0-fv04.1.nc.nc4?lat[0:1:17998]、lon[0:1:35999 ],analysed_sst[0:1:0][0:1:17998][0:1:35999] ")、ファイルに "MUR_JPL_L4_GLOB_browser.nc.nc4" という名前を付けると、R Studio でデータを正常にダウンロードして表示できます.

R Studio 内で上記の URL から直接 download.file() 関数を使用してデータをダウンロードしようとすると、ファイルも正常にダウンロードできます。

ただし、RStudio 内でダウンロードされたこのデータ ファイル (「MUR_JPL_L4_GLOB_rstudio.nc.nc4」) は、パッケージ「ncdf4」の nc_open() 関数を使用して R Studio で開くことはできません。以下のコードでファイルを開こうとすると、R Studio は「Assertion Failed」エラーを報告し、R Studio は直後にクラッシュします。

私の R Studio バージョンと ncdf4 パッケージは最新です。Rgui で同じコードを試してみましたが、同様のエラー メッセージとクラッシュが発生しました。別のコンピューターでもこれを試しましたが、同じ結果が得られ、「ダウンローダー」パッケージ内の「ダウンロード」などの別のダウンロード機能を使用しましたが、同じ方法で失敗しました。大きなファイル サイズに問題がある場合に備えて、ファイルの小さなサブセットもダウンロードしましたが、これは役に立ちませんでした。

私の質問は次のとおりです。

1) download.file() 関数を使用して RStudio によってダウンロードされたファイルを開くと、ブラウザーによって直接ダウンロードされたファイルが適切に機能しているのに、R Studio で強制的にクラッシュするのはなぜですか? 2) この問題を解決するための修正をご存知ですか?

私の最終的な目標は、これらのファイルの多くをダウンロードして処理することです。そのため、ブラウザーを使用してすべてのデータを手動でダウンロードすることは適切な選択肢ではありません。

私の sessionInfo() は次のとおりです。

R バージョン 3.3.2 (2016-10-31) プラットフォーム: x86_64-w64-mingw32/x64 (64 ビット) 実行環境: Windows >= 8 x64 (ビルド 9200)

ロケール: [1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 LC_MONETARY=English_United States.1252 [4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_United States.1252

付属の基本パッケージ: [1] stats グラフィックス grDevices utils データセット メソッド base

その他の付属パッケージ: [1] ncdf4_1.15

名前空間を介してロードされた (アタッチされていない): [1] tools_3.3.2

よろしくお願いします。

私がインストールしたもの

次を使用して、UbuntuにPydapをインストールしました。

コマンドの出力を正しく理解できればpip search pydap、すべての Pydap モジュールが正しくインストールされています。

しかし、100％確実にするために、次のようにも入力しました：

モジュールなし

しかし、私が見ることができるように、ユーティリティパスはありません:

そのため、次のコードを実行するためにutil モジュール ( ) をインポートできません。import pydap.util

( https://wiki.earthdata.nasa.gov/display/EL/How+To+Access+Data+With+PyDAPからコピーされたコード)

のようだ：

インストールするパッケージ名を返さない

ノート

https://wiki.earthdata.nasa.gov/display/EL/How+To+Access+Data+With+PyDAPには 、util モジュールがインストールされていない人向けのサンプル「AUTH MODULE CODE」がありますが、これは機能しません。私 - 次の行に問題があります:

pydap.lib にはUSER_AGENT が定義されていないため:

AttributeError:「モジュール」オブジェクトには属性「USER_AGENT」がありません

URL を使用して、opendap サーバー (データのサブセット) から netcdf データを開いています。私がそれを開くと、データは（私が見る限り）変数が要求されるまで実際にはロードされません。データをディスク上のファイルに保存したいのですが、どうすればよいですか?

私は現在持っています：

誰かが助けてくれることを願っています、ありがとう!

R と ncdf4 パッケージを使用して、OPeNDAP サーバーからデータを取得しようとしています。ただし、nasa eosdis サーバーにはユーザー名とパスワードが必要です。Rを使用してこの情報を渡すにはどうすればよいですか?

これが私がやろうとしていることです:

そしてエラーメッセージ：

Rsx_nc4_get_vara_double のエラー: NetCDF: 認証失敗の構文エラー、予期しない WORD_WORD、SCAN_ATTR または SCAN_DATASET または SCAN_ERROR コンテキストが必要です: HTTP^ 基本: アクセスが拒否されました。Var: nlat Ndims: 1
Start: 0 Count: 400 ncvar_get_inner(d$dimvarid$group_id, d$dimvarid$id, default_missval_ncdf4(), のエラー: C 関数 R_nc4_get_vara_double がエラーを返しました

URL https://username:password@disc2 .... を試しましたが、それも機能しませんでした。