問題タブ [openmpi]

実は3つ質問があります。どんな入力でも大歓迎です。ありがとうございました！

1) 各ホストで正確に 1 つのプロセスを実行する方法は? 私のアプリケーションでは、マルチスレッドに TBB を使用しています。最高のパフォーマンスを得るには、各ホストで正確に 1 つのプロセスを実行する必要があるということですか?

2) クラスターに異種ホストがあります。一部のホストは、他のホストよりも優れた CPU とより多くのメモリを備えています。作業分散の目的でプロセスランクを実際のホストにマップする方法は? ホスト名を使用することを考えています。

3) 工程ランクはどのように割り当てられますか? 0 になるプロセスは?

クラスターの実装（「Beowulfクラスター」）がMPIなどの通信プロトコルにどのように関連しているかについて少し混乱しています。OpenMPIのようなものを使用して「クラスター」をセットアップするために必要なソフトウェアコンポーネントは何ですか？

2時間以来、私のopenMPIインストールは故障しています...理由がわかりません！今日までチャームのように実行されていた3つのサーバー（clusterXと呼ばれる）を入手しました。

私が試したのは、SSHセッションをログアウトしてプロセスを一晩実行させるために、Nohupコマンドを使用してMPIジョブを実行することでした。

機能した。

しかし今、私はmpiジョブを実行できません、私はいつもこのメッセージを受け取ります：

誰かが私がしなければならないことへのアイデアとして？

Ubuntu10.0464ビットですべてのノードを実行しています

前もって感謝します。

Please help me to find some working application which is using openmpi. I need any name of application which have widely/worldwide usage and based on openmpi (using it). At least the name of that kind application will be enough.

Thanks

XE6 などの Cray コンピューターでは、aprun を介してハイブリッド MPI/pthreads アプリケーションを起動するときに、各プロセスが生成できるスレッドの数を示す深さパラメーターがあります。例えば、

各プロセスは、OS が配布する 5 つのスレッドを生成できます。

Slurm の srun で OpenMPI/pthread アプリケーションを起動するときに同様のオプションはありますか? このマシンは、nehalem プロセッサと IB 相互接続を備えた汎用 HP クラスターです。スレッド サポート レベルが MPI_THREAD_FUNNELED のみであることは問題ですか?

Xcode で Open MPI プログラムを実行したいと考えています。http://www.macresearch.org/compiling-running-and-debugging-mpi-programs-xcodeチュートリアルに従います。MPI_test 実行可能ファイルの出力を取得しています。しかし、mpiexec を実行しているときに、次のエラーが発生しました。

• 次の実行可能ファイルの検索または実行に失敗しました:
• 続行できません

ヘッダー ファイルで (Open MPI) MPI_Datatype を定義して、それを含む他のすべてのファイルがそれを見つけられるようにする必要があります。

また、 extern を使用して .h ファイルで宣言を行い、それらを .cpp ファイルで定義しようとしています。

しかし、私は常にエラーが発生します:

未定義の参照

Open MPI では許可されていませんか?

なんで ？

どんな助けでも本当に感謝しています。

ありがとう

私は C と MPI の初心者です。MPIで使用している次のコードがあります。

( mpirun -np 2 pnew ) を実行すると、次のエラーが発生します。

したがって、 fread() ステートメントを削除してもエラーは発生しません..何が欠けているのか教えてもらえますか?

Xcode 4.1 がインストールされた Macbook Pro (OS X Lion) のソース コードからオープン MPI (リリース 1.5.4) をコンパイルしようとしています。次のオプションを使用して openmpi を構成します。

new/clean ディレクトリにあります。試しmakeてみると、次のエラーが表示されます。

gfortran MacPortsgcc version 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2335.15.00)をGNU Fortran (GCC) 4.2.1 (Apple Inc. build 5666) (dot 3) 使えば簡単にインストールできると聞きましたが、ソースから自分でコンパイルしたいと思っています。追加のフラグを設定する必要がある場合、またはこのエラーの原因を教えてください。さらに情報が必要な場合はお知らせください。ありがとう。

ここで同じ質問をしましたが、長すぎたと思うので、もっと短い方法で再試行します。

マスター/スレーブ設定のRocksクラスターで最新のOpenMPIを使用するC++プログラムがあります。スレーブはタスクを実行してから、ブロッキングMPI_SEND / MPI_RECV呼び出し（Boost MPIを介して）を使用してマスターにデータを報告します。これにより、データがデータベースに書き込まれます。現在、マスターはスレーブよりも大幅に低速です。スレーブの約半分が最初のタスクでスタックし、データを報告しないため、プログラムに問題があります。strace / ltraceを使用すると、MPI_SENDでのポーリングが停止し、メッセージが受信されないようです。

私はこの理論をテストするプログラムを作成しました（ここでも完全にリストされています）。スリープを使用してスレーブとマスターの速度を操作することにより、同様の問題を引き起こす可能性があります。speed（master）> speed（slaves）の場合、すべてが正常に機能します。speed（master）<speed（slaves）の場合、一部のスレーブでは毎回メッセージが大幅に遅延します。

なぜこれが起こるのか、何か考えはありますか？