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私はRに非常に慣れていないので、必要な分析を行うために助けが必要です(GraphPad Prismで行ってきた分析ですが、これは大きなデータセットを処理できません)。私はこのようなデータフレームを持っています(簡略化):

各 RBP の 'Short' と 'Long' Seq の平均 'Sites.length' 値に有意差があるかどうかを知りたいです。ANOVA と TukeyHSD を実行しました。

結果は次のようになります。

問題は、TukeyHSD が同じ RBP の 'Long' と 'Short' のみを比較する必要があることです (つまり、Long:A v Short:A、Long:B v Short:B など)。他の比較は無意味です。 . それらすべてを互いに比較すると、実行したくない無意味な比較が修正されるため、調整された p 値が増加します。

TukeyHSD に、グループ化された各 RBP の「ロング」と「ショート」をデータに含める必要があることを伝える方法はありますか?同じ RBP の「ロング」と「ショート」のみを比較する方法はありますか?

または、これを行う別のテストはありますか？

更新: R で Prism Graphpad からの分析を再現できるかどうかを確認するために、他の多くのテストを試しました。 Gene、Seq、RBPを因子として設定):

しかし、分析を複製するものは何もないため、Graphpad Prism が処理できないより大きなデータ セットでこの分析を繰り返す必要があります。最も近いのは aov/TukeyHSD (上記の問題を除く) と t.test を使用した for ループです (以下で説明します。ただし、Prism 分析での 1 つの比較では有意な結果が得られますが、これとのすべての比較は有意ではありません)。

私が実行したGraphpad Prism分析は次のとおりです。

• 反復測定双方向 ANOVA (特定の遺伝子の「長い」と「短い」の値が一致していることを伝えます)

• Sidak の多重比較検定 (ただし、Bonferroni および Holm-Sidak の多重比較検定でも有意な比較が行われます)。

誰でも助けてもらえますか？

で混合効果線形モデルlmerを指定しましたが、その対比を指定する方法がわかりません。私のデータにはCondition2 つのレベルがあり、それぞれConditionに 20-20 がありPlayersます。各条件Scenarioで、 で 7 回評価できる 7 を提示しTrialsます。したがってCondition、 とScenarioは固定効果であり、ランダムな効果PlayerとがありTrial、 はTrialそれぞれの中に入れ子になっていますScenario。

私のモデルは次のようになります。

Scenario重要な ANOVA の結果が得られましたが、どの s が異なるのか、またどのs が異なるのかを知りたいTrialsです。

最小二乗平均を出力するlsmeansfromを使用しようとしましたが、結果の解釈方法がわかりません。lmerTest

また、個々の s を比較するにはどうすればよいTrialですか?

以下に部分的に示すデータセットがあります。私は anova を使用して、共変量として地域を持つ値の性別間の違いを調べました。ただし、複数の比較の修正に TukeyHSD を使用すると、必要以上の比較が表示されることがわかりました (以下を参照)。私が興味を持っている唯一の部分は、リージョン間ではなく、最初の行 (つまり、各リージョン内の M 対 F) です。anovaモデルまたはTukeyでこれを指定する方法はありますか? ありがとう！

model=aov(value~Sex*Region,data=data TukeyHSD(model)

時間の経過に伴うサイズの変化を調査しています。年に対する多変量線形モデルに 5 つのサイズ変数があります。car パッケージの Anova() 関数を使用して、各サイズ メジャーの勾配が等しいかどうかをテストしました。それらは大きく異なることが判明したので、サイズ測定値の組み合わせごとにペアワイズ検定を実行したかったのですが (これらは応答変数であることを思い出してください)、その方法を理解することができませんでした。これまでのところ、私のコードは以下のコードとほぼ同じですが、カテゴリ変数の代わりに、説明変数として数値を使用しています。

したがって、この例を使用して、SL から SW、SL から PL、SL から PW などの傾きが有意に異なるかどうかをテストし、組み合わせごとにそれを行い、(オプションで) p 値を調整します。多変量回帰の勾配の事後検定を探しています。

ありがとう、

ガボール

Rの反復測定AnovaでHolm-Sidak検定を実行するにはどうすればよいですか?

MeanSEP は、私がクラスで統計テストを再現しなければならない論文の結果からのボルタグ電位です。条件間の大きな違いを探しています。ベースライン、ABCD、DCBA、および 300。

これが私が得た限りです：

私と何人かの生徒は、これに対する解決策を多くの場所で運がなく、文字通り何ヶ月も探しました. 使いたくない lme コマンドを何度も参照されます。提供される出力は、私の同僚や私自身が 15 年以上使用したものではありません。さらに、私が R を教育ツールとして使用していることを考えると、t 検定や入門統計の学生向けの一元配置分散分析では、R はうまく流れません。私は、1因子反復で双方向RM ANOVAを実施しています。Sigmaplot が主効果に与えるものを R に複製させることに成功しました。ただし、R による事後分析は、Sigmaplot の同じ事後分析とは大きく異なります。これが私が使用したコードです-メモ付きです（これは学生を教えるためにも使用しているため）。

誰かが助けてくれることを願っています。ありがとうございました！

問題: R のテューキー検定で平均を計算するサンプルの順序を変更し、対応する文字を割り当てる方法を知りたいです。非常に簡単な例を以下に示します。

アイリスのデータをいじってみたところ、異なる種の間で Sepal.Length に違いがあることがわかりました。ボックスプロットは次のとおりです。

ANOVA 検定を実施したところ、差が統計的に有意であることがわかりました。

次に、テューキーのテストを実施し、次の結果を得ました。

グループの表に従って、HSD.test 関数は意味を降順にソートし、文字を割り当てます。したがって、"virginica" の平均値が最大であるため、表の最初になります。

質問: 文字のデフォルトの並べ替えと割り当てを変更する方法はありますか? サンプルを平均値の昇順に並べ替えて、文字を割り当てることはできますか? 予想される出力は次のとおりです。

考えられる解決策: パッケージmultcompには、連携して機能する 2 つの関数があります。

1 -glhtテューキーの検定を行う

2 -要因のレベルに応じcldて割り当てられた文字を提供できますSpeciesiris$Species

残念ながら、glht関数は、棒グラフの作成に役立ち、必要となる可能性のある別のデータを表示しません (平均値、標準偏差、p 値)。もちろん、別の特殊関数とは別に行うことも、 と の両方HSD.testを使用することもできますcld。HSD.testしかし、関数内の手段のソートに関する問題を解決し、これだけを使用することを好みます。