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グループ間の違いを同時にテストするために、92個のタンパク質でANOVAを実行しました

グループ間で有意に異なるタンパク質を取得します。グループがどのように異なるかを確認するために、事後テストを行いたいと思います。これは機能します：

しかし、重要なタンパク質だけでなく、すべてのタンパク質に対してそれを行います. pAlcohol に含まれるタンパク質だけのテストを行いたいのです。

また、現在、92 個のタンパク質すべてに対して事後テストを実行すると、それらが 3 行にリストされます (3 つのグループがあります)。すべてのタンパク質に対して 3 つの新しい行を作成することは可能ですか?

MASSの関数を使用して、序数データに比例オッズ累積ロジット モデルを当てはめましたpolr(この場合、さまざまな種類のチーズを優先するデータに) :

モデルの予測をプロットするために、次を使用して効果プロットを作成しました

パッケージによって報告された予測平均から、effectsチーズの種類ごとの平均的な好みのようなものを、これに関する 95% conf 間隔と共にプロットできるかどうか疑問に思っていましたか?

編集: もともと、テューキー ポストホック テストを取得する方法についても尋ねましたが、その間に、それらを使用して取得できることがわかりました

またはパッケージlsmeansを次のように使用する

nnetの関数を使用して多項式モデルを適合させましたmultinom(この場合、オスとメスの食事の好みと、さまざまな湖のワニのさまざまなサイズのクラスを与えるデータに基づいています) :

使用して取得できる因子の全体的な有意性

そして、たとえば「湖」を使用して得た効果プロット

全体的な Anova テストに加えて、ペアワイズ テューキー ポストホック テストも実行して、獲物が食べられる多項分布の全体的な違いをテストしたいと思います。

私は最初glhtにパッケージで関数を使用することを考えましmultcompたが、これは機能していないようです。たとえば、 factor の場合lake:

lsmeans代替手段は、これにパッケージを使用することでした。

ただし、これは特定の種類の食品の割合の違いをテストします。

全体的な多項分布をさまざまな湖で比較するテューキー事後検定を取得することも何らかの方法で可能かどうか疑問に思っていました。で試しました

しかし、それはうまくいかないようです:

何かご意見は？

または、モデルglhtで機能させる方法を知っている人はいますか?multinom

これについてはすでに stats.exchange (元の質問) で質問しましたが、同じコンテンツをここに再投稿しました - より多くの人から助けを得たいと思っています。

双方向 ANOVA から生成された出力からすべての不要なペアを除外する方法を知りたいので、summary(aov()) から有意な結果が示されている場合、事後テストでは比較が得られません。私はほしくない。詳細は次のとおりです。

datTable2 つの因子site(4 つのレベル: A、B、C、D) およびtreatment(2 つのレベル: コントロールと処理済み)の下の比率データが含まれています。site具体的には、すべての同じ条件でペアワイズ テストを実行したいtreatment(例: コントロール A VS. コントロール B、コントロール A VS. コントロール C、処理 A VS. 処理 C など)、 while は、異なるものsitesと異なるものの比較を除外しますtreatments(たとえば、コントロール A VS. 処理 B、コントロール B VS. 処理 C などのペア)。

データは次のようになります。

私は双方向のANOVAを行い（被験者内site/treatmentまたは被験者間で使用するかどうかもわかりませんsite*treatment...）、結果を要約しました。

それから私summary(m1)は私に次のことを与えました：

次のステップは、TukeyHSD事後検定を使用して、どのペアが因子の*有意性を引き起こしたかを実際に確認することです。site

ただし、実行した双方向 ANOVA に含めたくないペアがいくつかあり、 として指定し# not wantedます。

aovor関数を微調整して、TukeyHSD上記の可能性 (「望ましくない」もの) を除外する方法はありますか? *から生成された長いリストから、( を使用して) 関心のある重要な全体を簡単に選択できますTukeyHSD。しかし、私は anova からの私の結果がそれらによってバイアスされることを望んでいません! (実際のデータでは、これらの不要なペアによって有意性が実際に引き起こされることが起こります!)

site:treatment注:ポストホック テストが有意性を示さないことに気付いたかもしれません。これは、元のデータから小さなサンプルのみを選択したためです。

私はまだ r の使い方を学んでおり、Tukey 事後検定に基づいて効果プロットを作成するのに苦労しています。A3 つのコロニー ( 、BおよびC、以下を参照)を持つデータセットがあります。control各コロニーは、 と の2 つの処理に分けられDWVます。GLM を実行して、各コロニーの治療グループ間で平均余命 last.scan に差があるかどうかをテストする必要があります。「治療」を固定因子、「コロニー」をランダム因子として採用しました。

次のコードを使用しました。

95% の信頼限界も必要ですが、正しいコマンドを使用しているかどうかわかりません。

次のコマンドは、処理の Tukey ポストホック テストの結果を示しますが、各コロニーの処理の違いを示す Tukey テストが必要です。どうやってやるの？

ポストホック テストの結果を使用して、ここに示すような効果プロットを作成したいのですが、どのコマンドを使用すればよいかわかりません。

データセットの例を次に示します。

私は、事後 t 検定ではなく、計画された対比を使用することを検討してきました。私は通常ezANOVA(Type III ANOVA) を使用しますが、計画的な対比の実施ezANOVAは現在対応していないようです。

aov()一方、タイプ I ANOVA です (どのタイプのデザインにどのタイプが最適かについての議論はしたくありません)。（グループデザイン間で）を使用して計画された対比を実施するのは簡単ですがaov()、タイプIIIのANOVAを繰り返し測定して実施したいのですが、率直に言っezANOVAて、はるかにユーザーフレンドリーな出力が得られます.

計画された対比を行うために提供された情報を使用する方法を知っている人はいますezANOVAか?return_aov = TRUEezANOVA

注： これらの行に沿って何か経由return_aov = TRUEでの出力へのアクセスを許可します：aov

wid上記の参加者は、 in に追加された変数の例ですezANOVA。

summary.lm()は通常、計画された対比の結果を で提示するときに使用されaov、反復測定とは対照的に、グループ ANOVA 間で付与されます。

出力を使用して、反復測定 ANOVA の計画対比を実施することに特に関心があります。

バウンティゴール

この賞金で達成したい目標:

1) の出力を使用ezANOVAして、反復測定 ANOVA で計画された対比を行います。

1A) の出力を使用してezANOVA、被験者 ANOVA 間で計画された対比を実施します (これは比較的簡単なはずなので、賞金を請求​​するための必須条件ではありません)。

任意のダミー データで十分ですが、ezANOVA反復測定 ANOVAの形式を次に示します。

これは、この問題に関連して使用できる再現可能なデータとコードを含む関連する質問です。

計画されたコントラストとその機能の背景を示す PDF をここで見つけることができます。

TukeyHSD を R で実行しようとしています。コードは次のようになります。

たとえば、Line と Temp の間の相互作用を調べたいのですが、TukeyHSD(aov1) を実行すると、すべての相互作用が取得され、次のエラーが発生します。 [ reached getOption("max.print") -- omitted 3716 rows ]テストのみを指定できる方法はありますかLine と Temp の間で、すべての組み合わせではない、または TukeyHSD(avo1) を実行した場合に重要な結果のみを表示する方法はありますか? を使ってみ ましたがTukeyHSD(aov1, 'Line,Temp',ordered = TRUE, conf.level = 0.95)、うまくTukeyHSD(aov1, 'Line':'Temp',ordered = TRUE, conf.level = 0.95)いきTukeyHSD(aov1, 'Line'&'Temp',ordered = TRUE, conf.level = 0.95)ませんでした。