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更新: 回答のリンクは興味深く便利ですが、残念ながら Java API の必要性に対応していないため、引き続きご意見をお待ちしております。

化合物のデータベースを構築しています。すべての類義語 (IUPAC および一般名) とそれぞれの安全性データが必要です。
PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) で自由に入手できるデータを使用します。

単純な HTTP get を使用して各化合物を照会する簡単な方法があります。たとえば、グリセロール データを取得する場合の URL は次のとおりです。

次の URL は、解析しやすい形式を返します。

しかし、それは非常に基本的な情報のみを応答し、安全性データといくつかの一般的な名前を欠いています.

Scripps のグループによって開発された、非常に完全な Java 用のパブリック ドメイン API が 1 つあります ( citation )。コードはこちらです。

残念ながら、この API は十分に文書化されておらず、関連するデータが複雑なため、理解するのが非常に困難です。私が収集したものでは、pubchemdb はPubChem Power User Gateway (PUG) XML APIを使用しています。

誰かがこの API (または他の利用可能なもの) を使用しましたか? それを始める方法についての簡単な説明またはチュートリアルをいただければ幸いです。

Pubchem データベースに記載されているすべての IUPAC 名から、ある程度の長さの接頭辞と接尾辞のリストを作成して、プロジェクトで機能としてさらに使用できるようにしたいので、すべての IUPAC 化学名をテキスト ファイルまたはこれらのリストを抽出できるフォーマット。

pubchem 物質データベースをダウンロードして、すべての情報を MySQL データベースに入れたいと考えています。これは可能ですか？

データベースを自動的に更新するスクリプトはありますか?

私は現在、代謝物データベース PubChem からデータを要求する必要があるプロジェクトを行っています。Apache の HttpClient を使用しています。私は次のことをしています：

問題は、このコードが XML ファイル全体をストリーミングすることです。

等

私が望むのは、たとえば、PubChem ID を要求すると、その ID に対応する値が貼り付けられることです。これはネイティブ Java メソッドで実行できることがわかりましたが、これには HttpClient を使用する必要があります。ネイティブ Java では、次のように実行されます。

(注: このコードは Groovy で記述されていますが、いくつかの調整を行うと Java でも動作します)

だから、誰かが私を助けることができれば、それは素晴らしいことです:)

pubchem 化合物データベースから oracle データベース (11g) にすべてのデータを簡単にインポートする方法を知っている人はいますか?

私の問題を解決する解決策が見つかりませんでした

多くの化学者が直面している厄介な問題は、化合物の CAS 登録番号 (容易にアクセスできない商用データベースに保存されている) を Pubchem 識別子 (公開されている) に変換することです。Pubchem は 2 つの間の変換をサポートしていますが、手動の Web インターフェイスを介してのみサポートされており、公式の PUG REST プログラム インターフェイスはサポートされていません。

Ruby でのソリューションは、e- utilitiesインターフェイスに基づいてここに示されています。with-ruby/

これがどのようにRに変換されるか知っている人はいますか?

編集：以下の回答に基づいて、最もエレガントなソリューションは次のとおりです。

乾杯、トム

特定の正確な質量に一致する化合物の sdf 形式で、pubchem データベースから化学構造を抽出しようとしています。pubchem とやり取りする python または Java プログラミング言語を使用してこれを達成する方法はありますか。

R コードの次の行では、イタリック体でエラーが生成されます。私が何か愚かなことをしていない限り、それは rpubchem エラーのように見えます:

出力：

ここで何が起こっているか知っている人はいますか？