問題タブ [pygraphviz]

私は JSON ファイルを読み込んでおり、単純なループを使用して pygraphviz を使用して動的にグラフを作成しています:

グラフは複雑ですが、エッジがノードを横切らないようにしたいです。厳密なオーバーラップを設定したときに試しましたが、ノードをまたぐ線がまだあります。

これは、人々がよく遭遇するもののように思えますが、私はそれについて何も見つけることができません. 私はおそらく完全に間違ったことをしているか、間違った検索用語を使用しています。どんな助けでも感謝します。

このコードの実行:

次の出力があります。

これは、最初に定義された 1->2 ではなく、最初に表示されるエッジが 1->5 であることを意味します。どうすれば注文を強制できますか? 作成された順序でノードとエッジを確認したいと思います。

私のユースケース: 自作を使用してgraphvizをインストールしました。これは、インクルード ヘッダーと動的ライブラリと共に にインストールされます/usr/local/Cellar/graphviz。これはすばらしいことです。次に、pygraphviz を easy_install でインストールしようとしましたが、次のエラーが発生しました。

インクルード パスを手動で追加することはできますが、リンカーは動的ライブラリが見つからないと文句を言います。ここでもパスを手動で指定できますが、Just Work (TM) のようです。では、自作でインストールされたライブラリで easy_install がうまくいかないのはなぜでしょうか?

一連のデータからグラフを作成する必要があります。無数のSOの質問をふるいにかけましたが、必須の要件をすべて満たすソリューションを見つけることができませんでした.

必要なもの:

http://i.imgur.com/hzQHD07.png

必須要件:

1. ノードの階層配置
2. ノードの順序付けられた配置、つまり「A」は「B」の左側にある必要があります
3. ノード間の平行エッジ
4. エッジの最小長 (D--E のように、ラベルがノードに侵入するのを避けるため)
5. プログラムによる解決策。目的の結果を得るために、ドット ファイルをほとんどまたはまったく編集する必要はありません。
6. 数千ノードにスケーリング

非常に重要な要件:

7. 直線 (または直交)
8. 頭と尾のラベル
9. 矢印を表示するオプション

グラフは無向でも有向でもかまいませんが、上記の要件を満たす必要があります。

上記は以下を生成します: http://i.imgur.com/1e9YTnQ.png

もちろん、上記の方法では平行なエッジは表示されません。並列エッジをサポートする MultiDiGraph を使用しようとしましたが、並列エッジに一意のキーを定義しているにもかかわらず、次のエラーが原因で動作しません (コードには表示されていません)。

以下に示すように、networkx なしで graphviz を使用すると、並列エッジが得られますが、階層とノードの順序付けは失われます。ドットファイルに rank=same を追加することで階層を修正できることは知っていますが、プログラムで行うことをお勧めします。

評判が不十分なため、最後のレンダリングの画像リンクを投稿できません。

私はいくつかのPythonグラフの視覚化を学ぶことに取り組んでいます。私が試してみたいと思っていたことを書いているいくつか のブログ記事を見つけました。残念ながら、次のエラーが発生して、あまりうまくいきませんでした：AttributeError: 'module' object has no attribute 'graphviz_layout'

私のシステムでエラーを再現するコードの最も簡単な抜粋はこれです、

同様の質問が見つかりました、およびこのコンボで問題のある投稿がありましたが、まったく同じエラーではありませんでした。1 つは近いものでしたが、自動的に解決されました。

まず、NetworkXと PyGraphViz に必要なすべてのパッケージ ( Scipyと同様の要件がリストされています) がインストールされていることを確認しました。

次に、Python でこれらのモジュールのインストールをテストするためのスニップを探しました。最初の 2 つの例はNetworkX Reference Documentationからのものです。これは、MatPlotLib と GraphViz の両方を使用したスニップの例をいくつか示しています。

MatPlotLib コード例は私にとってはうまくいきます (画像を画面にレンダリングします)、

ただし、GraphViz のスニップでも同様のエラーが発生します。

次に PyGraphViz のLayout & Drawingのチュートリアル ページを試してみました。これにもいくつかの切り口があります。PyGraphViz は、Neato (デフォルト)、PyDot、および Circo Post Script 出力 (Gimp を使用して表示) で渡されます。(唯一の違いは、これらの PyGraphViz の例がディスプレイではなくファイルにレンダリングされることです)。

さらに複雑なことに、 PyGraphVizが動作するには GraphVizパッケージのバイナリが必要です。私は Arch Linux を使用しており、そのディストリビューションのバージョンをインストールしました。Arch Linux には、インストールをテストするための例(ファイルへの出力) があり、これも.

私は何が欠けていますか？NetworkX と PyGraphViz が単独では正常に動作するが、一緒に動作しない原因は何ですか?

このようにpygraphvizをインポートしようとすると

最初に、次のエラーが表示されます。

そして、同じセルを再実行すると (間に何もしないと)、別のエラーが発生します。

チェックアウトで依存関係をpip show [options] <package>チェックしています。それらは両方とも私の /anaconda/lib/python3.4/site-packages ライブラリにあります。

pip install で両方をインストールしました。また、何度か再インストールを試みました。

どんなアイデアでも大歓迎です..

Windows 7 で pygraphviz をビルドしようとしていますが、問題があります。以下のトレースバック 1 を参照してください。現在、mingw gcc compile に変更することを検討しています。しかし、使用するコンパイラは、私のディストリビューションで使用されているものと同じでなければならないこともわかりました - Python(x,y)。

私は、この問題で他の人が苦しんでいることを認識し てい ます。しかし、私の正確な問題を見つけることができないようです。

Christoph Gohlke の Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packagesから動作するバージョンを持っていて、簡単に入手できます。私がビルドを試みている理由は、ここで説明されている問題が発生した理由である可能性があると考えているためです (私はここでストローをつかんでいる可能性があることを認識しており、この可能性のある愚かさにまっすぐに置かれることを歓迎します)。

次にどのデバッグ手順を実行する必要がありますか?

ノート。msvc9compiler.py以前にファイルを次のように更新しました(この問題を修正するには、トレースバック 2 を参照してください)。

トレースバック 1:

トレースバック 2:

これはブリューリストとピップリストです

そして実行するpip install pygraphviz

システム:Mac OS X バージョン:10.11.1

問題を解決する方法。

次のコードを使用してpygraphvizグラフを作成しています。しかし、ラテックスの数式をレンダリングすることは可能ですか (図 1 を参照)。そうでない場合、同様のグラフをプロットするがラテックスレンダリングをサポートする代替の python ライブラリはありますか?

これにより、次の図が得られます

図1

注: この問題は、次の投稿のいずれにも含まれていません: 1、2、3。

目的は、PyGraphviz をインストールして、によって提供される視覚化ツールを使用することpython-weka-wrapperです。PyGraphviz をインストールできませんでした。以下は、から試したときに表示されるエラーですpip

Graphviz は MacPorts の助けを借りてインストールされました。上記の結果でそのパスは明らかです

graphviz/cgraph.hも存在します。では、インストールの何が問題になっているのでしょうか。

ネットであらゆることを試しましたが、何もうまくいかないようです。これが私が試したことの完全なリストです。

• git からのインストール:

  sudo pip install git+git://github.com/pygraphviz/pygraphviz.git

• パッケージ ソースの setup.py からのインストール:

  sudo python setup.py install

• win コマンド ラインに沿ってインクルード パスとライブラリ パスを指定してインストールします。

  sudo python setup.py install --include-path=/opt/local/include/graphviz --library-path=/opt/local/lib/graphviz

それらのそれぞれが同じエラーをスローします。

私は何をすべきか？