問題タブ [pygraphviz]

みなさん、こんにちは。

OS X 10.9 で Pygraphviz 1.2 をコンパイルしてインストールしようとするとエラーが発生します

https://pypi.python.org/packages/source/p/pygraphviz/pygraphviz-1.2.zip#md5=90c728a8db276eede4e3af2f990a8985から pygraphviz アーカイブをダウンロードしました

入力したターミナルから

出力は次のとおりです。

ご覧のとおり、Homebrew で既に graphviz をインストールしています。

特定のグラフからすべてのパスを見つける必要があります。今のところそれはできますが、再帰コードは効率的ではなく、グラフは非常に複雑です。したがって、より良いアルゴリズムが必要です。これまでの私のコードは次のとおりです。

開始ノードが 1 つしかないため、再帰関数が簡単になります。リーフが逆の順序でたどられる場合、すべてのリーフはそこに到着する必要があります。開始ノードは、着信エッジを持たないノードです。

私はたくさんのグラフを持っているので、それらを辞書に入れています。キーはグラフの名前です。これが私のデータの例です：

これらの構造は から取得したものpygraphvizで、任意のノードからの発信エッジを単純に示しています。キーはノードで、値はノードへの発信エッジです。ただし、以下のような非常に複雑なグラフがある場合、このコードではすべてのパスを見つけることができませんでした。

あなたが提案できるより良いアルゴリズムはありますか？または、複雑なグラフ用にアルゴリズムを最適化する方法はありますか?

フラスコの return ステートメントで複数のメソッドをチェーンすることで、バグの可能性を見つけています。この問題を回避する方法について何か提案があるかどうかを知りたいと思いました。

これが私のコードです：

投稿が要求されるtc.worker()と、tc.worker2()ジェネレーターは正しく返されますが、実行しようとするtc.graph()と、以下のエラーが発生します。

Mac OS X 10.9 を使用しています。すでにgraphviz 2.36.0をインストールしています。

pygraphviz 1.2 をダウンロードした後、setup.py で変数「library_path」と「include_path」を変更しました。

でgraphvizをインストールしようとするとpython setup.py install、次のメッセージが表示されます。

これを修正する方法を知っている人はいますか？

andライブラリのPhylo.draw_graphvizメソッドを使用して系統樹を作成しようとしています。私はドキュメントを読み、Windows用と同様にインストールしました。次に、 Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packagesからインストールしました。Biopython wikiにある次のコードに従いました。BioPythonPyGraphviznetworkxmatplotlibGraphviz 2.38PyGraphviz

しかし、私はこのエラーに遭遇し続けます:

ソースコードはこちらから入手できます。トレースバックが示唆するように行を確認155しましたが、これはそれが言っていることです:

どんな解決策も大歓迎です

私はチュートリアル（またはここに示されているテストコードに従っています。私のツリーは、ドキュメントに示されている方法とは完全に異なって見えます。私のツリーには、ノードラベル、距離スコアなどの情報がありません。私は Phylo を見ましたwikiですが、不完全なようです. ノードにそれぞれの名前 (phyloxml ファイルから) とブランチの長さを付けたいと思います. 以下に私の phyloxml ファイルのリンクを投稿しています. どんな助けも大歓迎です. .

PhyloXML ファイル : http://pastie.org/9661690

これは私のグラフが今どのように見えるかです:

コード：