問題タブ [pyrserve]

Pythonプログラム内からRにアクセスしたいと思います。私はRpy2、pyrserve、PypeRを知っています。

これらの3つのオプションの長所または短所は何ですか？

pyRserve でエラーを見つけたと思いますが、どこに報告すればよいかわかりません。

pyRserve を使用すると、期待どおりの方法で R 行列を取得できます。

ただし、 data.matrix 変換を使用するもので同じことをしようとすると、次のようになります。

寸法は正しくなっていますが、行ではなく列で埋めています。

誰でもこれを修正する方法を知っていますか? または、少なくとも開発者に報告する方法は?

ありがとう; カイル

私は R にまったく慣れていませんが、Python にはほとんど慣れています。私は R コードを書くのが苦手です。R への python インターフェイスを探しています。これにより、R パッケージをpythonic の方法で使用できます。

私はGoogleの調査を行い、それを行うことができるいくつかのパッケージを見つけました:

• Rpy2
• パイプ
• pyRserve

しかし、どちらが優れているかわかりませんか？貢献者が多く、より積極的に使用されているのはどれですか?

私の主な要件は、R パッケージにアクセスするための pythonic の方法であることに注意してください。

大規模なデータ フレーム (数百万行、数千列) が Python で Pandas として作成されます。このデータ フレームは、PyRserve を使用して R に渡されます。これは速くなければなりません - せいぜい数秒です。

pandas には to_json 関数があります。そのような大きなオブジェクトの json 会話との間のやり取りは唯一の方法ですか? そのような大きなオブジェクトは大丈夫ですか？

私はいつでもそれをディスクに書き込んで読み取ることができます（freadを使用して高速であり、それが私が行ったことです）が、これを行う最良の方法は何ですか?

pyRserve パッケージの Windows 7 に easy_install を実行しましたが、実行するimport pyRserveと次のインポート エラーが発生します。

Python 2.7.5 を使用しています。

助言がありますか？

R に RServe を、Python に pyRserve をインストールしました。どちらもうまく機能しています。ドキュメントhttps://pythonhosted.org/pyRserve/manual.htmlに従いましたが、うまく機能しています。ただし、sapply に関連するサンプルを実行しようとすると、次のエラーが発生します。

conn.ref.abs で試しましたが、それでも同じエラーが発生します。これが仕様の変更なのか、それとも別の方法があるのか​​ わかりますか?

ありがとう！

pyRserve モジュールは、Python から Rserve セッションを操作するときに非常に便利です。

「conn.r」や「conn.ref」などの式を名前の前に付けることで、R オブジェクトにアクセスできます。

ただし、関数名にドットがある場合、これは機能しません。

私が思いついた唯一の解決策は、R 式全体を文字列でラップし、eval 関数を使用して実行することです。

それを行うより生産的な方法はありますか？

注:別の SO スレッドで、同様の質問が rpy2 モジュール (別の python R バインディング) について回答されていることに気付きました。

感度分析、最適化、シミュレーションの起動など、Python でさまざまなタスクを実行する必要があります。ただし、シミュレーション結果の最初の後処理は、R と、Rdata に格納された巨大なデータベース (最大 3 Gb を表すいくつかのデータ テーブルを含む 8 Gb) に依存しています。そのため、データの読み込みを繰り返さずに R スクリプトの呼び出しを繰り返す必要があります (これには数分かかります)。私は最初に pyRserve を試しましたが、未加工の R よりも厳しいと思われるメモリ制限に直面しています。

と：

次のエラーが表示されます。

そう：

1/ Rserve により多くのメモリを割り当てる方法はありますか (通常、私の構成では未加工の R、つまり 16 Gb に割り当てられた量)?

2/ Rdata を一度だけロードしてから、同じワークスペース内で R スクリプトを実行するために、Rserve に代わるものはありますか?