問題タブ [r-mice]

プロジェクトで Rのパッケージを使用しようとしていmiceますが、プールされた結果が、出力内の変数の 1 つに対して持っていたダミー コードを変更しているように見えることがわかりました。

詳しく説明するとfoo、 と の 2 つのレベルを持つ因子 がある0とし1ます。レギュラーlmを使用すると、通常、 の見積もりが得られfoo1ます。ただし、 と 関数を使用するmiceと、poolの推定値が得られfoo2ます。パッケージのnhanesデータセットを使用して、再現可能な例を以下に含めました。miceなぜ発生している可能性がありますか？

miceinを使用して 100 個のデータセットを複数帰属させ、その後、プールされたデータセットに対していくつかの他の操作を実行するためにR、mouse コマンドを使用してそれらをプールしました。computeこの操作の結果は、プールされたデータセットへの追加の列です。

ここで、マウス フレームワーク内で「戻ってきて」、 を使用して回帰などの分析を実行したいと考えていwith.midsます。

で使用するオブジェクトを取得するために、データセットと新しい列を「デプール」するにはどうすればよいですか?midswith.mids

関数を使用してからコマンドを使用してmidsオブジェクト を作成することは解決策になるでしょうか?as.midswith mice

どうもありがとう。

エマヌエラ

以下はサンプルデータです。

次のエラーが表示されます:

この問題の原因がわかりません。

マウスを使用して欠損値を代入した後の経時データの統計分析の実行に問題があります。ワイド データ形式で欠損値を代入した後、抽出したデータをロング形式に変換します。縦方向のデータ参加者には重複した行 (3 つのタイムポイント) があるため、長い形式のデータ セットを型 mids オブジェクトに変換するときに問題が発生します。midsオブジェクトまたは代入後に適切なものを作成する方法を知っている人はいますか? 後で固定効果をプールするために lmer,lme を使用したい。色々と試してみたのですが、いまいちわかりません。

事前に感謝し、以下のコードを参照してください。

一番、

ジュリアン

次のようなことをしたいと思います: (myDataはデータテーブルです)

各帰属データセットに計算値を追加し、その計算値を使用して統計を行いたいと思います。明らかに、上記の構造はおそらくあなたが行う方法ではありません。マウスの前に何らかの方法でデータテーブルを準備すること、上でスケッチしたように「fit =」の前のステップ、または「with」呼び出し内の複雑な関数を含むかどうかにかかわらず、私はどんな解決策にも満足しています.

以下で何が起こっていますか？

マウスがすべての NA 値を正常に置き換えた場合、結果は 0 になります。しかし、そうではありません。私は何を間違っていますか？

私は R に比較的慣れておらず、フォーラムもまったく初めてなので、いくつかの投稿ルールを認識していない可能性があります (親切に)。

私が抱えている問題は、Stef van Buuren によるマウス パッケージの as.mids() 関数に関連しています。それを使用すると、新しい mids オブジェクトのデータは問題ありませんが、属性の補完の数は元の + 1 です。

例 (元の as.mids() の例と mouse パッケージのデータを使用):

作成されたオブジェクトは次のようになります: 代入数 = 6 (5 ではなく)。

as.mids() のコードを見ると、1 つの小さな変更でこれが解決されているように見えますが、私の R の知識にはセカンドオピニオンが必要です。

元の as.mids() コードは次のとおりです。

ini (3 行) の定義でマウスの呼び出しの m パラメータを変更すると、問題が解決するようです (max(as.numeric()) がレベルの数を与えるという事実のみを考慮して、元のデータを含め、これはおそらく言及されていません）：

例で as.mids.mod を使用すると、同様の分析結果が得られます。

関数の使用や問題解決に何か問題がありますか、それとも as.mids() 関数をわずかに変更する必要がありますか?

パッケージが並列多重代入 (MI) のAmelia Rサポートを提供するという事実を認識しています。ただし、私の研究データの予備分析により、データが多変量正規分布ではないことが明らかになったため、残念ながら を使用できません。したがって、このパッケージは多変量正規ではないデータに対して MI を実行できるため、MI 用パッケージの使用に切り替えました。 Ameliamice R

経由の MI プロセスmiceが非常に遅いため(現在、AWS m3.large2 コア インスタンスを使用しています)、処理時間を節約するために手順を並列化できないか考え始めました。miceドキュメントと対応する JSS ペーパー、およびのソース コードを確認miceしたところ、現在、このパッケージは並列操作をサポートしていないようです。これは悲しいことです。なぜなら、MICE アルゴリズムは自然に並列であるため、その並列実装は比較的簡単であり、時間とリソースの両方を大幅に節約できるからです。

質問:mice外部 (並列機能を介して) または内部 (ソース コードを変更することによって) のいずれかでパッケージ内のMI を並列化しようとした人はいRますか? また、もしあればその結果は何ですか? ありがとうございました！