問題タブ [r]

以前、R でのベクトルの考え方に関する自分自身の質問に答えましたが、「ベクトル化」できない別の問題があります。ベクトルの方が高速でループが遅いことは知っていますが、ベクトル メソッドでこれを行う方法がわかりません。

完全な限界分析を行いたいデータ フレーム (感傷的な理由から my.data と呼びます) があります。特定の要素を一度に 1 つずつ削除し、データ フレームを「値」にする必要があります。次に、次の要素のみを削除して、繰り返しを再度実行する必要があります。その後、何度も何度も... アイデアは、私のデータのサブセットに対して完全な周辺分析を行うことです。とにかく、これをベクトル効率の良い方法で行う方法が思いつきません。

コードのループ部分を短くすると、次のようになります。

だから明らかに、私は途中でたくさんのものをハックしました。目標は、より効率的なベクトルを使用して j ループを削除することです。何か案は？

Web 上のどこにも見つかりません (そして、インストールしたくありません)。R 言語はコンパイル済み言語ですか? 事前に作成されたスクリプトの実行速度は? なんらかのコンパイルを行いますか、それとも命令を 1 行ずつ実行しますか?

次の形式の日付を含む時系列をインポートしました。

これにより、次の結果が得られます。

May が翻訳されたので、明らかにロケールが考慮されます。

ドキュメントによると、 %b は省略された月名である必要がありますが、そこに問題がある可能性があると思います。

これを修正するにはどうすればよいですか？

Linux t2.6.27-9-generic #1 SMP で R を実行しています

更新: もう少し深く掘り下げると、問題は LC_TIME 定義にあることがわかりました。適切な略語は次の形式です。

私のデータには次が含まれています：

データの前処理を検討できると思いますが、R でこれをスムーズに行う方法が大歓迎です。

これはある程度機能しますが、それほどエレガントではありません。

ありがとう！

を使用してRにロードできるデータのファイルのCSVがありますread.csv()

一部のデータが欠落しているため、データ フレームを完全に欠落していないデータで構成されるセットに減らしたいと考えています。つまり、NULLどこかに a が表示されている場合は、その列と行をフィルター処理されたデータ セットから除外したいと考えています。

組み込みの R ベクトル演算を使用してこれをかなり簡単に実行できることはわかっていますが、これを正確に実行する方法がよくわかりません。

私の質問をもう少し具体的にするために、ここにデータの簡単なサンプルを示します。これにより、私が何をしたいのかがわかります。

したがって、この入力が与えられた場合、出力をこれに減らすコードが必要です。

はAnno8NULL 以外のデータを持つ唯一の列であり、NULL 以外のデータを持つ行は 4 つだけです。

最初のフィールドが期間を示す時系列をインポートしたいと思います。

Rにはこれをきちんと行うための機能がありますか？

ありがとう！

アップデート：

Godekeが提案したように、私が見つけた最も有望な解決策は、cronパッケージであり、substring（）を使用して間隔の開始を抽出しました。

私はまだ関連する問題に取り組んでいるので、そこに着いたら解決策を更新します。

SAS を独占的に使用する傾向があるいくつかの業界に興味があるため、SAS について学びたいと考えています。ただし、統計プログラミングについて何も知らないと仮定するリソースに行き詰まるのは避けたいと思います。R での統計経験のあるプログラマー向けの良いガイドはありますか?

ありがとう、スティーブン

多くの列とデータのセクションを含む csv ファイルをインポートしました。

ファイルのレイアウトは次のようなものです。

(異なるデータセットのヘッダーはまったく同じです。

これで、最初のデータセットを次のようにプロットできます。

次のより良い方法があるかどうか興味があります。

1. 変換せずに、数値として読み取られたすべての数値を取得します。

2. 意味のある方法で、ファイル内のさまざまなデータセットに対処します。

ヒントをいただければ幸いです。ありがとうございました。

ステータスアップデート：

私はまだRで良い解決策を見つけていませんが、Luaでスクリプトを書き始めて、個々の時系列を個別のファイルに分けました。Rがこれらすべてのファイルをどれだけうまく処理できるか知りたいので、今のところこれを開いたままにします。1日あたり8ファイルを取得します。

qw()R に文字ベクトルを生成するための Perl のような引用符のような演算子があるかどうか知っている人はいますか?

これは、スタック オーバーフローに関する完全にユニークな質問だと思います。最初の背景:

BRCAPRO (brack-a-pro) と呼ばれる計算エンジンの上に新しい GUI を作成するように依頼されました。BRCAPRO は、BayesMendel と呼ばれるソフトウェアに基づくメンデル計算モデルを実装しています。BRCAPRO 計算は、がん治療を専門とする医師や外科医が患者に次のことを示すために使用されます。

• 遺伝学と家族歴に基づいてがんと診断される確率。
• さまざまな治療形態および/またはこれらの治療を開始する年齢に基づく平均余命の変化。

私は十分な調査を行った結果、BRCAPRO 式が複雑すぎて自分のコードに合理的に実装できないことを知りました。

CancerGene と呼ばれる (がんの医師に) よく知られている既存のソフトウェア パッケージがあります: http://www8.utsouthwestern.edu/utsw/cda/dept47829/files/65844.html。このプログラムは非常に古いもので、Windows 95 で実行され、クライアントが対応していないいくつかの形態の癌の計算エンジンが含まれています。理想的には、私のクライアントがアプリケーションを Web 上で実行して、他の医師と簡単に情報を共有できるようにしたいと考えています。

私のタスクは、BRCAPRO エンジン上に構築された CancerGene アプリケーションを使用することです。

1. その機能の 90% を複製する
2. 不要な機能を削除する
3. レポートの出力を変更する
4. できればWebベースにする

今私の質問：

BRCAPROに対してコーディングする方法を知っている人はいますか? 私は 2 日間 Google で検索しましたが、API ドキュメントや開発情報は一切見つかりませんでした。ウィキペディアによると、BayesMendel モデリング ソフトウェアは R で書かれていますが、BRCAPRO がどの言語で書かれているかはわかりません。R についてはまったく知りません。

明確にするために、BRCAPRO の動作や計算エンジンを変更する必要はありません。数値を返すように入力する方法を知る必要があるだけです。

-- 編集してさらに情報を追加 --

上記のリンクで CancerGene アプリケーションをダウンロードし、インストールしました。BRCAPRO が受信することを期待するデータ形式を含む少量のドキュメントがありました。不必要な詳細レベルに入ることなく、BRCAPRO は、各列が遺伝形質を表し、各行が家族のメンバーを表すマトリックス形式のデータを想定しています。Web/Windows フォームからマトリックスを収集したら、このマトリックスを BRCAPRO エンジンに渡す方法を知る必要があります。

Stack Overflow に 2 人の医師/開発者がいるといいのですが!

KN