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問題の説明

.Rnw ファイルから編成された .pdf にインタラクティブな (回転する) rgl 3-d 散布図を含めたいと思います。インクルードするためのフックがあることは知っていますが、rglこれは html 出力専用である可能性があります。回転するようにプロットを含めることができないようです。これは最小限の例です。プロットは表示されますが、点ではなく線が表示され、回転も利用できません。

質問

1. PDFにインタラクティブなrglを含めることは可能ですか?
2. もしそうなら...どうすればknitrでこれを行うことができますか?; 私は間違って何をしていますか？

MWE

私がpdfで見るもの：

私は、knitr で多くの式を持つアルゴリズムを実装しています。そのため、一部のコード チャンクで一部の関数をパターン内の名前で<<Fun_bar>>=@定義し、他のコード チャンク内で単体テストをパターン内の名前で定義します<<Test_foo>>=@。ここで、関数定義コードのチャンクのみを実行したいと思います。"Test" で始まる名前のコード チャンクのみを実行できる機能はありますか?

で最小限のknitr rnw例を実行すると問題が発生しRstudioます。彼の githubから次の最小限の例を取得しました

「PDFをコンパイル」すると、次のようになります。

表示される唯一の警告は次のとおりです。

最新のすべてを実行しています（Rstudio/knitr/R）

編集:数字を含むサブディレクトリが作成されていないようRplot.pdfです。数字を含む...

knitr::kable関数を使用して RNW ファイル内のテーブルを作成すると、PDF 内のテーブル アイテムのテキストの色が灰色に見えます。

これを黒に変更したいと思います。これどうやってするの？

RStudio でファイルから PDF をコンパイルしようとするとRnw、次のエラーが表示されます。

必要なパッケージを読み込んでいます: Knitr

readLines(if (is.character(input2)) { のエラー:

接続を開くことができません

呼び出し: Knit -> readLines

さらに: 警告メッセージ:

readLines(if (is.character(input2)) { :

ファイル 'Rnw_test.Rnw' を開けません: そのようなファイルまたはディレクトリはありません

実行停止

これは自宅ではなく会社の PC でのみ発生するので、Rnwファイル自体には問題はないと思います。

私の問題はこれと同じようです: https://stackoverflow.com/questions/16826153/error-when-compiling-pdf-using-knitr-in-rstudio# =。しかし、私の Rprofile は変更されていないため、残念ながらこれは役に立ちません。

また、knitr::knit("file.Rnw")コンソールで実行しても機能せず、同じエラーがスローされます。

as.list(Sys.getenv());str(x[grep('^L[AC]',names(x))])上記のスレッドで Yihui が の出力を求めたので、以下に示します。

そしてここに私のsessionInfo()：

何がうまくいかないのでしょうか？

編集：コンパイルの詳細

RStudioの [ Compile PDFknitr::knit("file.Rnw") ] ボタンとR コンソールからコンパイルを開始しました。

Yihui のヒントのおかげで、プロジェクトの作業ディレクトリは、.Rprojファイルが置かれているフォルダーではなく、1 レベル上のフォルダーであることがわかりました。これを考慮して、R コンソール経由でファイルをコンパイルできます。

しかし、[ PDF のコンパイル]ボタンを使用できるようにするにはどうすればよいでしょうか?