問題タブ [rnw]

Knitr パッケージの新しいバージョンをダウンロードしましたが、Rnw ファイルにプロットを含めようとすると、突然次のエラーが表示されます。

多くの実験の後、問題はコマンド fig.height にあることがわかりました。明らかに数値であるはずです。このコードは次のエラーを生成します。

このコードは次のことを行いません。

残念ながら、この 6 の測定単位が何なのかわかりません。

このコード:

別のエラーが発生します。

全体として、knitr が実際に fig.height の数値を期待しているように見えます。これはfig.height='\\textheight'、ドキュメント全体で既に多くのコマンドを入力しているため (まだ機能していた時代に戻って)、適度に面倒です。ラテックスに対応する数値が何であるかを本当に知っています\textheight。

何かアドバイスはありますか？

更新:さらに実験を行ったところ、fig.height に入力した数値は Latex ファイルのどこにも表示されず、knitr によって生成される cat.pdf 画像の寸法に直接影響することがわかりました。fig.heightこの種のことは、完全に除外することが最善の戦略である可能性があることを示唆しています. [height=\textheight]それでも、これはtex ドキュメントでを取得する方法を教えてくれません。

私が作成した lyx ファイルを共著者に編集してもらいたいです。彼は Knitr をインストールしておらず、knitr によって生成されたコンテンツが存在しないドキュメントのテキストと方程式の部分のみを編集します。それでも、lyx から pdf ファイルを生成できるようにしてほしいと思います。ドキュメント/設定/モジュールの下で、Rnw (knitr) モジュールを削除できます。しかし、その後エラーが表示されます。

Knitr_iris.lyxの下にサンプルの lyx ファイルを投稿しました。Knitr モジュールがアクティブ化されている場合、PDF 生成は正常に機能しますが、Documents / settings / modules で Knitr モジュールの選択を解除すると、次のエラーが表示されます。

これらは R での $ と # の使用によるものです。knitr チャンクがラテックス コードではなく、無視すべきものであることを Lyx に伝えるにはどうすればよいでしょうか?

Rnw ファイルとインタラクティブな光沢のある R マークダウン ドキュメントの 2 つの場所で R コードを実行したいと考えています。

したがって、インタラクティブな光沢のあるコンポーネントは Rnw ファイルでは機能しないため、インタラクティブなコードをロードするかどうかを検出する R のコード スニペットが必要です。

これは機能しているように見えますが、簡単なハックのように感じます:

安定したソリューション、またはアクセスできるグローバル変数のようなものはありますか? shinyまたは、パッケージがロードされているかどうかを確認する必要がありますか?

最も安全なものは何ですか？

最近ここに投稿した質問を拡張しています（図をKnitrドキュメントに直接入れます（ファイルをフォルダーに保存せずに））。

データの要約を出力するユーザー向けの .pdf ファイルを生成する R パッケージを作成しています。パッケージに .Rnw スクリプトがあります (ここでは、私の MWE は test.Rnw と呼ばれます)。ユーザーは次のことができます。

.Rnw ファイルは多くの画像を生成します。もともと、これらはすべて現在のディレクトリに保存されていました。これらの画像がディレクトリ (または、.tex ファイルで pdflatex を呼び出したときに作成される .aux ファイルまたは .log ファイル) に保存されているようには見えません (ユーザーはこれらの画像ファイルを忘れずに削除する必要があるため)。 . 第二に、スクリプトが複数回実行されると、この乱雑さが問題を引き起こす可能性があることも心配しています。

そこで、前回の投稿で、画像を一時フォルダーに保存することで .Rnw ファイルを改善しました。新しい R セッションが開かれるたびに、一時フォルダー内のファイルが削除されると言われました。しかし、私はまだ特定のことを心配しています:

1) 19 行目のような行を挿入する必要があると思います。

.Rnw ファイルが実行されるたびに一時フォルダー内のファイルを自動的に削除します (R が再起動されるたびにイメージが削除されるだけではありません)。これにより、現在のディレクトリにイメージがクリーンに保たれ、ユーザーはイメージを手動で削除することを覚えておく必要がなくなります。ただし、この「解決策」が一時フォルダー内のファイルを削除する行を持つ CRAN 標準に合格するかどうかはわかりません。その理由は、ユーザーのシステム内のファイルを削除するためです。これにより、他のプログラムが一時フォルダーにファイルを書き込んでいる場合に問題が発生する可能性があります。明らかな理由で、CRAN がユーザーのコンピューターからのファイルの書き込み/削除を許可しないことについて読んだ気がします。CRAN はそのような慣行についてどの程度厳格でしょうか? それについて安全な方法はありますか？

2) 一時ファイルへの画像ファイルの書き込みと削除がうまくいかない場合、同じ効果を達成する別の方法は何ですか (フォルダーに面倒な画像ファイルを作成せずにスクリプトを実行します)? 代わりに、画像を出力ファイルに直接埋め込むことは可能ですか (ディレクトリに保存する必要はありません)? これは不可能だと確信しています。ただし、.Rmd を使用して変換することは可能であり、.Rnw を .Rmd に変換できると言われました。.Rnw ファイルは、正しい出力のために特定の形式 (テキストと余白) に従う必要があり、非常に長いため、これは難しい場合があります。.Rnw ファイル全体を書き直さずに、画像を生成するチャンクのみに .Rmd 機能 (画像を出力に直接挿入する機能) を利用することは可能ですか?

以下は私のMWEです：

私は ここ数ヶ月、Windows のLyx (2.1.4) で Knitr を使用しています。最近、Lyx と同じバージョンの Ubuntu に移行しました。Knitr モジュールの使用中にコンパイル中にエラーが発生します。

1) エラー メッセージのコピー (メッセージ ペインから):

2) コンバーターの定義:

3）私のコードチャンクは

.Rnw ファイルは tmp フォルダー (lyx_tmpbuf0 ) に作成され、R studio で正常にコンパイルできることに注意してください。また、lyxのsweaveモジュールを使用してpdfを正常にコンパイルできます。

更新 1: scottkosty の提案によると、R と RStudio の両方でシステム環境をチェックしたところ、違いはほとんどありませんでした (ただし、それらについてはわかりません)。

これはR の出力です:

これはRStudio の出力です。

R Sweave ドキュメントによって生成されたすべての tiff 画像の背景を変更する必要があり、ここで説明されているのと同じ問題が発生しました。

Knitr でのグローバル オプションの尊重

しかし、おそらくコメントに従って動作しているpar(bg = )を使用しています。

MWE:

（コメントすることは許可されていません。そうしないと、その投稿にとどまっていたでしょう。）

ここの例に基づいて、フックも使用してみました: https://github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/examples/knitr-graphics.Rnw

しかし、それもうまくいきませんでした。

機能する唯一の方法は、すべてのチャンクにパラメーターを設定することです。次に例を示します。

(実際には白い背景が必要ですが、色でテストする方が簡単です.TIFFを使用するのは私の選択ではありません.)

何が起こっているかについてのアイデアはありますか？

教育目的でpurl、ファイルのチャンク.Rnwを個別のファイルに分割したいと思います。この回答は、その方法を説明しています：

Knitr を使用して .Rmd ファイル内の各チャンクを複数の .R ファイルにプルする方法

しかし、メソッドはチャンクオプションを保持しません。私が持っているチャンクはプロットを生成するので、オプションfig.widthとfig.heightオプションを保持することが重要です。理想的には、次のようなチャンクが必要です。

plot.R次のような名前のファイルになります。

つまり、チャンク オプションfig.widthとfig.heightを で認識される形式に変換しspin()、purl()無関係なチャンク オプションを削除するか、またはspin()などの Word に問題を作成しますout.width。すべては、ユーザー フレンドリーなコード ファイルを作成するという精神にあります。

echo = false.Rnwファイルをknitrでセットしました。出力は、周囲に空白がたくさんあるグラフです。グラフが本文から離れすぎないように空白を減らすにはどうすればよいですか?