問題タブ [rscript]

私の問題：

myscript.R構成ファイルを使用するRスクリプトがあります。たとえばconfig.xml、そのようなスクリプトをジョブスケジューラに送信するための最良の方法は何ですか（たとえば、qsubを使用）。

スクリプトとファイルを、bashスクリプトに埋め込まれているCまたはFortranの実行可能ファイルなどと同じように使用できるようにしたいと思います。

私が現在FORTRANをどのように使用しているか：

fexこれは、私が呼び出す次のようなコンパイル済みのFortran実行可能ファイルで使用するアプローチの例ですfscript.sh。

上記は、次のfscript.shように構成ファイルを読み取るための指示とともにクラスターに送信できます。

現在、類似した方法でRを使用する方法：

同様の方法でRを実行するために、bashスクリプトを使用していますrscript.sh

これは、コマンドラインで実行できます。

rscript.Rのようなものが含まれている場所

私の質問

1. Rscriptまたはコンパイラは、現在使用しているbashよりも堅牢なアプローチを提供しますか？
2. どのような条件下で一方が他方よりも適切でしょうか（長所と短所は何ですか）？
3. どちらの場合でも、構成ファイルを渡すにはどうすればよいですか？

私がこれまでにしたこと

rscript.sh上記のbashスクリプトを考え出すことに加えて、チュートリアルRscriptとコンパイラのドキュメントを読みましたが、これらが一方が他方よりも優先されるコンテキストであるかどうかはわかりません。また、どちらのコンテキストでも構成ファイルを渡すための最良の方法は明確ではありません。

この質問は他の質問に関連しています。たとえば、Rプログラムから実行可能ファイルを作成する方法は何ですか。Rコンパイラは存在しますか？。ただし、コンパイルされたコードを使用するためにそれが不可欠であるとは思いません。

私はWindowsでRScriptを使用しており、デフォルトではプロットをpdfファイルに保存しますRplots.pdf（ページごとに1つのプロット）。

各プロットをのような画像ファイルに保存したいのです.pngが、可能ですか？

次のようなRスクリプトを呼び出す方法

Windowsでは？Rまたはを使用するとRscript、何も読み取られません。Rscriptまたはlittler（両方ともLinux）を使用すると、スクリプトは期待どおりに機能します。

Rコードを変更せずにこれを達成する方法はありますか？

--interactiveおそらく関連： Windowsにスイッチがないのはなぜですか？

私が作成している Slidify という R パッケージにコマンド ライン インターフェイスを提供することに関心があります。を使用してRscriptおり、クロスプラットフォームになると思います。スクリプトはサブディレクトリに保存されinst/slidifyます。任意のディレクトリからスクリプトを使用するために.bash_profile、Mac を使用しているため、そのパスを my に追加しました。

私の質問は

1. 自動化されたクロスプラットフォームの方法でスクリプトのインストールを処理するにはどうすればよいですか?
2. このプロセスでファイルのアクセス許可が保持されていることを確認するにはどうすればよいですか?

3. スクリプトのシバン行はどうあるべきですか? 私は現在使用しています

   #!/usr/bin/Rscript --vanilla --slave

これを処理する方法と、既にそれを実行している R パッケージの例についての指針をいただければ幸いです。念のために言っておきますが、これがどのように機能するかは明確です。ユーザーは、コマンド ラインからslides.Rmd実行するだけで、スライド デッキを生成できます。slidify generate slides.Rmd

アップデート：

コマンドラインからMacにインストールする方法は次のとおりです。スクリプトの作成には、優れたサブライブラリ by 37 シグナルを使用します。

echo "$(path/to/clidir/slidify init -)" >> ~/.bash_profile exec bash

2 つのフォローアップの質問

1. これらのコマンドを R 関数にパッケージ化できますinstall_slidify_cliか?
2. これらのコマンドを Windows ユーザーにミラーリングするにはどうすればよいですか?

私は現在、いくつかのコードを書いています

1. API 経由でサーバーに接続し、一連のデータを取得します。
2. そのデータをケース ID 別に整理し、
3. 個別の症例報告を作成し、
4. ケースごとに 1 つの pdf (ケース概要) ファイルを作成し、最後に
5. これらのファイルをサーバーにプッシュします。

私はRに精通しており、pdflatexにもある程度精通しています。私は Ubuntu 環境で作業を始めたので、bash スクリプトについて知りましたが、どのプログラムがその仕事に最も適しているかは簡単ではないことに気付き始めています。

私の現在の計画は、R で RCrul を使用してデータを取得し、R でデータを整理して、一連の .tex ファイルを生成することです。今後、pdflatexを使用してpdfファイルを作成し、最後にRを再度使用して、新しく作成したpdfファイルをサーバーにプッシュする予定です。小さなbashスクリプトを書き始めました。

仕事の個々の部分に最適なソフトウェアと、最高のパフォーマンスを発揮するソフトウェアについて誰かがアドバイスしてくれることを願っていました.

データはそれほど広範囲ではありません。約 500 から 2000 のケースと約 20 から 30 の変数を使用します。

次のパスにローカルに保存された .R ファイルがあります。

RScript.exe のコマンドは次のとおりです。

実行してみました：

しかし、それは 1 を返し、.R スクリプトは正常に実行されませんでした。私は何を間違っていますか？私はPythonを初めて使用するので、これはおそらく単純な構文エラーです...これらも試しましたが、すべて1を返します:

ありがとう！

Python GUI を介して R スクリプトを実行しようとしています。

R コンソールで、rgl パッケージをインストールしました。Windows-7 では、R は ProgramFiles\R... フォルダーではなく、現在のユーザー フォルダーにパッケージをインストールします。

私は簡単なdemo.rスクリプトを持っています：

次のコマンド ラインで、新しくインストールした rgl パッケージを使用して demo.r スクリプトを実行すると、次のようになります。

それは完全に機能します！

ここで、次のスクリプトを使用して Python から実行すると、次のようになります。

rgl が見つからない/インストールされていないというエラーが表示されます。

demo.r に単純な print to screen コマンドしか含まれていない場合、動作することを確認しました。つまり、Python から起動すると、Rscript.exe はユーザー フォルダーの下の rgl パッケージの場所を認識できなくなります。

rgl パッケージ フォルダーをユーザー フォルダーから ProgramFiles\R... フォルダーにコピーすると、機能します。

Rスクリプトを実行し、ユーザーフォルダーからパッケージを使用してmake pythonを指定する方法を知っている人はいますか?

ありがとう

「Colli_On」と「Colli_Off」というヘッダーを持つ2列の数字を含む単純なcsvファイルがあります。ファイル名と列名の 3 つの引数を渡す単純な Rscript を作成し、Bland Altman プロットを生成したいと考えています。ただし、次のエラーメッセージが表示されます

どこが間違っていますか？

knit2htmlを使用してコマンドラインで実行する必要がありますRscript。次のコードを試してみましたが、動作します

ただし、R コード チャンク (またはバッククォートを含むもの) を導入すると、プロセスがハングします。したがって、以下は機能しません

私の使用目的では、コンテンツにしかアクセスできないため、ファイルをknit2htmlに渡すことはできません。これは機能することがわかっています。

私の質問は、これをどのように機能させるかです。問題はバックティックであることを知っており、それらをエスケープしようとしましたが、何も機能していないようです。

R CMD BATCHスクリプトの実行を停止させるエラーメッセージを含む出力ファイルをデフォルトで生成する同様のコマンドとは異なり、私はこれを行う方法を見つけることができませんでしたRscript。これを実現するために、Linuxシェルでパイプを使用してみました。

ただし、これはエラーが発生する前に発生した出力のみをパイプ処理するため、ファイルoutputFile.Rにはエラー情報は含まれていません。Rファイルを使用してファイルに保存する際に発生するエラーをキャプチャする方法を知っている人はRScriptいますか？