問題タブ [rsqlite]

2 つのデータ フレームがあります。

ご覧のとおり、2 つの遺伝子列は部分的に一致します (HLHmgamma は分割 mgamma のエンハンサー、helix-loop-helix に一致します。CG4080 は転写産物 CG4080-RB からの CG4080 遺伝子産物に一致します)、これら 2 つをリンクできる方法はありますか? これまでに試したコード:

スプレッドシートを Excel からデータベースにエクスポートしましたが、一部のフィールド名に白が含まれていました。以前に解決策を検索しましたが、列自体についてのみ、列の名前から白を取り除く実行可能な方法が見つかりませんでした。R を使用してサーバーにクエリを送信しています。これは私のフィールドがどのように見えるかです:

後でこれらのフィールドを呼び出す必要があるときに問題になる可能性があるため、空白を削除したいと思います。次の解決策を試しましたが、以下のエラー メッセージが表示されました。なにか提案を？

すべての列を常に格納し、それらを使用して計算するのに十分な RAM がなかったため、RSQLite を使用して RSQLite と組み合わせて R を使用してデータを永続化しています。以下を使用して、空の列を SQLite データベースに追加しました。

ここで、R で計算し、data.table 列 dtab$newcol に格納されているデータを使用して、この列を埋めたいと思います。私は次のアプローチを試しました：

残念ながら、R は何かを行っているように見えますが、CPU 時間や RAM 割り当てを使用していません。データベースのサイズは変化せず、24 時間経過しても何も変化していません。したがって、出力なしでクラッシュしたと思います。

updateステートメントを間違って使用していますか? これを行う別の方法はありますか？

アップデート

RSQLite 関数 dbSendQuery と dbGetPreparedQuery も試しましたが、どちらも同じ結果でした。ただし、bind.data を使用せずに単一の行を更新することは機能します。したがって、列を更新するループは可能と思われますが、データセットが巨大であるため、パフォーマンスを評価する必要があります。

大きなデータ フレームをデータベースの新しいテーブルに入れようとしています。次の方法で簡単に実行できます。

ただし、主キー、外部キー、および数値、テキストなどの列の種類を指定したいと思います。

何か私にできることはありますか？最初に列を含むテーブルを作成してから、データ フレームを追加する必要がありますか?

Rからクエリを実行するためにMySQLデータベースに直接ロードするために解凍した一連の大きなzipファイルがあります.

この例を続けます (x86_64 GNU/Linux):

現在、解凍したファイルを次の方法でロードしています。

zip ファイルを使用して DB にテーブルを直接書き込むことができるかどうか疑問に思っていますiris.csv.gz。

編集：

私は認識してgzfileいますが、その使用法ではMySQL DBに書き込む前にファイルをメモリに取り込む必要があることを理解しています。

DBI:::dbWriteTable読み込もうとしているファイルの入力フィールドでの単一引用符の発生に関連しているように見える奇妙な動作を観察しています。

最小限の再現性の例を次に示します。

結果:

一方、各行から一方または両方の一重引用符を削除すると、ロードが成功します。

ロードが一重引用符を正しく解析できないのはなぜですか? 元のファイルから一重引用符を削除しない回避策は何ですか?

いくつかの数値を含む変数があります

別の変数 x2 が含まれています

R の sql ステートメントでこれらの値を変数として渡そうとしています。これまでのところ、1 つの変数 (x1 または x2) を渡せば問題ありません。

2 つの変数 x1 と x2 でこれを行う方法がわからない

どんな助けでも大歓迎です。