問題タブ [rstan]

STANでスイッチポイント解析をしようとしています。yガウス確率変数の 2 つの異なるシーケンスを持つデータ ベクトルがあります。目標は、シフトが発生した可能性がある時期の事後分布を見つけることです。実行に使用RStanしていますが、エラーは STAN 内にあります。

これは STAN コードです。

パーサー (Rstudio に付属) は次のエラーを返します。

キャストを行う変数の割り当てを処理できないのはなぜですか? STAN では、この種の分析に別のパターンが必要ですか。で整数変数を作成しようとしましたparametersが、STAN はランダム整数変数をサポートしていないようで、連続変数のみをサポートしています。

parameter を推測するために返されたというstanfitオブジェクトがあります。たとえば、を使用して分析できるようになりました。fitrstan::stan(...)thetathetarstan::summary(fit, pars="theta")

の 2 乗についての推論にもっと関心があることに後で気付きましたtheta。出力にパラメーターとしてtransformed parameters含めるブロックを STAN モデルに含める必要がありました。theta_squared

あたかもブロックで計算されたかのように、変換されたパラメータtheta_squared <- theta^2を既存のオブジェクトに追加することは可能ですか?stanfittransformed parameters

私はスタンの新人です。私は、地震のモデル化に使用されるモデルである時間 ETAS モデルに取り組んでいます。地震発生時刻 t[i] での震度は、

ここで、t は時間、p、c、mu は 3 つのパラメーターです。Rstanを使用しています。モデル用に次のスタンコードを書きました。

時間をベクトルとして指定していないことはわかっています。モデルセクションに尤度を書くのを手伝ってくれませんか? 強度を書く問題に直面しています。R で時間 t[i] での強度を記述するために使用した方法は、STAN でこれを行うための書き込み方法ではないと思います。

A small part (containing 20 times only) of the data is as follows: dat=list(0.0000,310.1907,948.4677,1007.2617,1029.7996,1065.7343,1199.8650, 1234.6809,1298.0234,1316.0350,1381.8400,1413.4311,1546.2059,1591.1326, 1669.5084, 1738.9363,1745.5503,1797.9980,1895.6705,1936.3146)

および並列計算rstanを使用して簡単な例を実行しようとしています。次のコードは、下部近くでコメントアウトすると正常に完了しますが、そのままでは、への呼び出しでセッションが無期限にハングします。Mac OS 10.11.5 の R GUI で R バージョン 3.3.0 を使用しています。plyrdoMCregisterDoMC(cores = 2)Radply

編集：奇妙なことに、これはLinuxサーバーと私のMacR CMD BATCHでコマンドライン経由で動作します。ただし、R GUI はまだありません。

ベイジアン モデリング用の RStan ソース コードを含む R パッケージを構築しています。パッケージのインストールは成功しましたが、「ライブラリ」経由で Rstudio にソースを入れることができませんでした。以下、メッセージです。

何がうまくいかなかったのか、それを修正する方法を知っている人はいますか? ここに同様の質問があるようですが、解決策についてはよくわかりません。ご助力ありがとうございます。

ここに私の説明と名前空間があります:

R スクリプトでは、パッケージの関数Fit12_for_stack.Rを呼び出します。インタラクティブな R セッションでコードを実行すると、次のような警告メッセージが表示されます。rstanstan()Fit12_for_stack.Rstan()

警告メッセージ: 1: ウォームアップ後に 13 回の発散遷移がありました。adapt_delta を 0.8 より大きくすると役立つ場合があります。2: サンプリングの問題を診断するためにpairs()プロットを調べます

Fit12_for_stack.Rコマンドラインで次のコマンドを使用してスクリプトを実行すると:

出力は得られますが、警告メッセージは得られません。コマンド ラインで呼び出す R スクリプトを実行しているときに、警告メッセージをキャプチャするにはどうすればよいですか?stan()stan()

投稿からすべてのコンソール出力を R のファイルに保存する方法は? 、追加してみました

スクリプトの先頭に追加されましたが、警告メッセージtest.logなしで出力が表示されました。stan()

これはFit12_for_stack.R次のようになります。

これはtry8.stan次のようになります。

一度に 1 つのデータ ポイントで、API 呼び出しを介してデータを生成しています。各ポイントを Stan モデルにフィードし、更新されたモデルを保存して、データ ポイントを破棄したいと考えています。

これはスタンで可能ですか？

もしそうなら、グループレベルのパラメータをどのように扱いますか? たとえば、モデルに J 個のグループ レベル パラメーターがあるが、一度に 1 つのデータ ポイントしか入力していない場合、エラーは発生しませんか?

次のモデルの複数の予測子の事前確率を設定する方法について、少し混乱しています。

これは、リクエストに応じて、列車での最初の観察です。

draw以下のデータ フレームのネストされた情報にアクセスしてプロットするのに少し迷っていますmpg。

result[,"draw"]私が望む結果は、各値がデータフレームのその行の観測値である場合と同等です。また、より良いアプローチがあれば、私はすべて耳にします。

グラフがどのように見えるかを次に示します。

drawsキーが既に追加されている の小さなバージョンを次に示します。