問題タブ [sequence-alignment]

次のようなトレースの配列があります。

本当に小さな低い部分、そして大きな高い部分、そしてまた低い部分で終わりました。

これらすべてのトレースをできるだけ近くに配置できるようにしたいです (したがって、低から高への変化とその逆は同じインデックスになります)。

相互相関を使用しようとしましたが、オフセットが 0 になりました...理由はわかりません。

私はインターネット上で何も見つけられませんでした.多くの人が以前に直面した共通の問題のように思えるので、私はとても混乱しています.

Biopython を使用して fasta 形式で 複数の配列アラインメントを指定して、経験的なコドン置換マトリックスを構築しようとしています。

アラインされた配列が同じ長さである場合、 AlignInfoモジュールを使用した単一ヌクレオチド置換マトリックスは比較的単純なようです。これが私がpython2.7を使ってなんとかしたことです：

同じ長さの配列 (aln.fa) を持つ fasta 形式の複数配列アラインメント ファイルを使用すると、出力は、アラインメントで観察されたヌクレオチド置換の数に対応するハーフ マトリックスです (ギャップ (-) が許容されることに注意してください)。

私が目指しているのは、同様の経験的置換行列を計算することですが、複数の配列アラインメントに存在するすべてのヌクレオチド トリプレット (コドン) についてです。

以下を変更して、ヌクレオチド トリプレットを受け入れるために、AlignInfo モジュールの_pair_replacement関数を微調整しようとしました。

305～308行目

に

この段階で、アラインメントからコドンを取得できますが、アルファベットについて不満があります (モジュールは 1 文字のアルファベットしか受け入れませんか?)。

ご了承ください

(i) 3 つの可能な読み枠を説明する置換行列を取得したい

どんな助けでも大歓迎です。