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For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
r - アラインされた DNA 配列のアラインメント スコアを返す R 関数はありますか?
2 つの文字列 (DNA シーケンス) を取得して、アライメント スコアを生成したいと考えています。DECIPHER パッケージを見つけましたが、アライメント スコアではなく、アライメントのみを生成できました。「Biostrings」も試してみましたが、スコアを生成できませんでした。
ご協力いただきありがとうございます！
私はこのようなものを探しています
python - biopython でタンパク質配列の文字列ではなく、fasta ファイルを使用して複数の配列アラインメントを作成する方法
スクリプトと同じディレクトリにダウンロードしたファイルを使用して、複数の配列アラインメントを記述できるようにしたいと考えています。ただし、Biopython Cookbook では、これを表示する唯一の方法は、ファイルをロードするのではなく、文字列を書き出すことです。後者ができるようになりたいです。The biopython cookbook の第 6.2 章で複数の配列アラインメントを作成する方法を次に示します。
目標は、すべてのタンパク質配列から門のツリーを作成するためにこれを使用することです。