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r - Rによる並列化
R で計算を並列化しようとしたときに、パフォーマンスの問題に直面しています。12000 行 (遺伝子) の 8 列 (条件) の行列があり、遺伝子発現を表すクラスターの最適な数を決定したいと思います (同じ発現パターンを持つ遺伝子をグループ化します）。そのために、このチュートリアルに従って、clustGap 関数と medoid の周りのパーティションを使用します。
計算はかなり長く、計算のクラスターにアクセスできるので、並列化する予定です。
Snow パッケージを使用したいと思います。速度を評価するために、サブマトリックスを抽出し、コンピューターで最初のテストを行いました。
時差14.59781秒
時差8.251367秒
したがって、1コアの計算は8コアよりも効率的であるように思われるため、テストに少し行き詰まりました:o
この計算で私が誤解していることを誰か知っていますか?
どうもありがとう、