問題タブ [spatstat]

spatstat関連する残差と一緒に (R ライブラリ) でエラーのない ppm を作成しました。これは、約 25,000 のデータ ポイントに基づいています。ただし、plot.msr を使用して残差をプロットしようとすると、次のメッセージが表示されます。

これが何を意味し、問題を解決するために私ができることについての提案

ありがとう

R の spatstat パッケージの ppm() 関数を使用して、画像共変量を使用してポイント プロセスをモデル化しようとしています。spatstat で使用するためにラスタを im オブジェクトに変換しましたが、im を共変量として使用すると問題が発生しました。モデルで。ピクセル値は数値ですが、これらは実際にはさまざまなランドスケープ ゾーンのコードにすぎないため、問題の核心は、モデルがピクセル値を数値ではなく係数として読み取れるようにすることです。次の 2 つのアプローチを試しました (R コードとデータを以下に示します)。1 つ目は、ラスター オブジェクトを im オブジェクトに変換する前に、ラスター値を数値から係数に変換することです。as.factor() 関数を使用すると、値を係数に変換するという望ましい効果があるようです。しかし、この共変量で ppm モデルを実行すると、ppm() 関数には、モデルの各因子水準のパラメーターが含まれていません (参照水準と比較して)。むしろ、共変量を 1 つの共変量に対して 1 つのパラメーターのみを持つ数値として扱います。2 番目のアプローチは、共変量自体ではなく、式の引数で共変量を指定するために使用される factor(covariate) を使用して ppm モデルを実行することでした。これは実際にモデルをフィッティングする際に機能し、参照と比較した各因子レベルのパラメーターを提供します。ただし、式の引数で factor() を使用したため、予測を取得するために predict.ppm() を実行すると失敗します。質問は、共変量画像の値を因子として認識し、したがって、各因子レベルのパラメーター推定値 (参照を差し引いたもの) でモデルをフィッティングし、predict.ppm で予測できるように ppm モデルを実行するにはどうすればよいかということです。 ().

ポイント プロセス データはこちらの csv 形式です: https://www.dropbox.com/s/tp1opzsmc14e2hb/EbolaData_AnalyticSet_8.8.14.csv?dl=0

共変量の tiff ファイルはこちら: https://www.dropbox.com/s/0fyt0jflokrpp5z/anthrome2000_global_5min.tif?dl=0

そして、Rコードは次のとおりです。

複雑なポリゴンによって制約された多数のポイント (緯度と経度) があります。ただし、一部のポイントはポリゴンの境界内にありません。これらのポイントを元のデータ フレーム (以下で説明する ppp オブジェクトではありません) からサブセット化したいと考えています。

予想通り、エラーメッセージ1 point was rejected as lying outside the specified windowが表示されます。元のデータフレームをサブセット化して、df拒否されたポイントを見つけるにはどうすればよいですか?

SpatialLines1 つのオブジェクト内のすべての交点の xy 座標を取得する方法を探していますSpatialLinesDataFrame。gIntersectの機能を見つけましたrgeosが、それは 2 つのデータセット間の交点のみを見ています。私は 50 万行を超えるデータセットを扱っているため、各行の個別のファイルを作成し、任意の行が別の行と交差しているかどうかを確認するには時間がかかりすぎます。ArcMap には、数秒で実行できる Intersect 関数があり、R にもそのような関数があるかどうか疑問に思っていました。ありがとう!

関数エンベロープを使用すると、引数が受け入れられず、「未使用の引数」が定義される理由を見つけるために、あなたの助けを求めたいと思います。私が使用しているデータはマークのない ppp で、シミュレートされたデータと私のデータを使用して L 関数グラフを作成したいと考えています。ここに私の ppp データのコードがあります:

その後：

希望するシミュレーション回数

表示したい p 有意水準

そして、この時点では、エンベロープ関数はあまり満足していないようです:

これは一般的なエラーのようで、spatstat パッケージが原因かどうかはわかりません。分析を進めることができないため、これに対する解決策を見つけるのを手伝ってください。

どうもありがとうございました、

マルティナ

グリッド内の各ピクセルを通る交差の数を示すことにより、2D 空間での線の集中を伝えようとしています。密度プロットに似たものを描いていますが、より直感的な単位を使用しています。spatstat パッケージとその線分クラス (psp) に惹かれました。端点で線分を定義し、線全体を計算に組み込むことができるからです。ただし、これらの数を集計するための関数の適切な組み合わせを見つけるのに苦労しており、提案をいただければ幸いです。

以下の 50 ラインの例に示すように、密度関数は (0,140) の値を生成し、pixellate 関数は各ピクセルの全長を集計し、(0, 0.04) の値を取得します。線が各ピクセルを通過しました。スケールが整数値を取るもの、たとえば 0..10 を期待しています。

pixellate.psp 関数を使用すると、オプションで、計算に使用する重みを指定できます。これを操作してピクセルを正規化し、交差ごとに 1 カウントすることを検討しましたが、重みは各ラインに一意に適用されます (ライン/ピクセルのペアに固有ではありません)。行ごとにバイナリ マスクを計算して結果を追加することも考えましたが、もっと簡単な方法があるはずです。線に沿ってポイントをサンプリングし、ピクセルごとにポイントをカウントできることを知っています。ただし、ピクセルのライン交差ごとに1つのポイントのみが存在するように、サンプリングを正しく行うことに関心があります。

Rでこれを行う簡単な方法はありますか? それ以外の場合、これは将来のパッケージ拡張のための適切な提案でしょうか? これは、python や matlab などの別の言語でより簡単に達成できますか?

上記の例と私のテストは、x86_64-w64-mingw32 上の spatstat 1.40-0、R 3.1.2 で行われました。

私は R に非常に慣れておらず、〜 500k ポイントを含む形状ファイルがランダムに分散されているかどうかを判断しようとしています。引数に何を入力しても、同じエラーメッセージが表示され続けます。

ここに私が最初から持っているものがあります：

だから私の次の試みは：

そして私の最後の試み：

私が言ったように、私はこれに非常に慣れておらず、アマチュアの python の経験しかありませんが、プロジェクトでこの関数を使用する必要がある大学院生です。どんな助けでも大歓迎です。

乾杯

ポイントとポリゴン境界の間の最小距離を見つけたいと思います（すべてのポイントはポリゴン内にあります）。それが可能な場合、どのように値を抽出できますか? ということで、個体数と境界からの距離との相関関係を見つけることができます。

ポリゴンは .SHP 形式で、X/Y 座標をポイントします。

不足している情報があれば教えてください！あなたの助けは大歓迎です!

「spatstat」パッケージのインストールは正常に機能します。しかし、パッケージをロードすると>library(spatstat)、次の応答が返されます。

loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) のエラー: es gibt kein Paket namens 'goftest'

さらに: 警告メッセージ:

R バージョン 3.0.3 以降のパケット 'spatstat' ワーデ

エラー: Laden von Paket または Namensraum für 'spatstat' fehlgeschlagen

英語に翻訳:

loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) のエラー: パッケージ 'goftest' が存在しません

さらに: 警告メッセージ:

パケット 'spatstat' は R バージョン 3.0.3 で作成されました

エラー: 'spatstat' のパッケージと名前空間の読み込みに失敗しました

何が問題なのですか？何度も再インストールしましたが、同じエラーが発生します。