問題タブ [spatstat]

数か月前にspatstatを使い始めました。4 つの森林区画 (250mx250m) で 15 種について、直径 2cm から 4cm の間の木の実生のクラスタリング (およびクラスタサイズ) を検出しようとしています。

密度 (または強度) への影響を示す 3 つの共変数 (地形、高度、林冠の開口部) があります。ただし、クラスタ モデルを使用することはおそらく不可能です。これは、方法によってクラスタ サイズが大きく異なる弱いクラスタリングが原因である可能性があります (400 ポイントを超える種については同じ結果が得られたため、これはおそらくポイントの数とは関係ありません)。

したがって、ポイントの密度/強度を説明するために、実生確立の重要なドライバーであることが知られている3つの共変数（上記）を使用した不均一ポアソンモデルを使用しました（量的変数の対数二次関係と共変数間の相互作用を使用）。

次に、集計関数 (ペア相関関数) に基づくモンテカルロ テストを使用して、クラスター化を検出し、クラスター サイズを推測しようとしました。クラスタ サイズは、観測点で計算されたペア相関がシミュレーションより上にある最大距離になります。しかし、Baddeley et al. の本にあるように、クラスタリングを検出し、クラスタ サイズを推測するために、不均一または均一のペア相関関数を使用する必要があるかどうか疑問に思っています。2015 年、彼らはデータ ページ 398-399 に適合する不均一なポアソン モデルを使用した均一な L 集計関数を使用します。ポイント プロセスが均一でない場合 (これは事実です)、集計関数として不均一な関数を使用する必要があると考えました。さらに、非常に異なるクラスターサイズのシミュレーションに応じて、非常に異なる結果が得られます。モデルの適合が不十分なためなのか、それともメソッド自体が原因なのか? クラスターのサイズを測定するより良い方法はありますか?

誰かが私を助けることができれば、私はとても感謝しています!

よろしく、

R バージョン 3.2.3 でドイツ (ミュンスター) の CRAN ミラーからパッケージ Spatstat をインストールしようとしていますが、パッケージがインストール可能なパッケージ リストに含まれていないため、インストールできませんでした。

このパッケージのインストールに関する問題について同様の質問がありますが、問題は古いバージョンの R であり、私の場合ではありません。

私のCRANミラーのパッケージのリストに「spatstats」が含まれていない理由と、この問題を解決するにはどうすればよいか、誰か知っていますか?

よろしくお願いします。

空間点分析に R の Spatstat パッケージを使用しています。私のデータセットは、位置座標、つまりあるイベントの緯度と経度を小数点以下 6 桁まで含んでいます。9898 回の観測があります。

ポイントパターンの要約の出力は次のとおりです。

平面点パターン：9898点

平均強度 1 平方単位あたり 149786.3 ポイント

座標は小数点以下 6 桁まで与えられます

単位

ウィンドウ領域 = 0.0660808 平方単位

私の質問は、平均強度の値がどうしてそんなに大きくなるのですか? それとも、ポイント パターンを作成する私のアプローチが間違っているのでしょうか。助けてください！

R のパッケージのkppm関数を使用して、クラスター プロセス モデルを適合させようとしています。エラー メッセージが表示されます。spatstat

システムは計算上特異です: 逆条件数 = 6.62594e-21"

警告メッセージとともに：

分散を計算できません: フィッシャー情報行列が特異です

どういう意味ですか？モデルの選択は間違っていますか？または、ppm モデルを使用する必要がありますか? エラー メッセージのスクリーン ショットは次のとおりです。

助けてください！

でポイント パターン モデルのレバレッジ プロットを作成しようとして、問題が発生していspatstatます。ただし、これは奇妙です。昨日はまったく同じモデルで完全に正常に機能していたのに、現在は機能していないからです。

3 つの共変量と Geyer 相互作用を持つモデルがあり、警告メッセージを生成せずに正しく実行されます。ただし、レバレッジ プロットを生成しようとすると、最初に次の警告が表示されます。

そして、このエラー：

この問題は、R が直交スキームを分割しようとするという事実と関係があると思います。なぜなら、以前はクラッシュせず、まったく同じモデルでレバレッジ プロットを作成できたので、そうする必要がなかったからです。それを分割します（または、少なくともそれについて私に知らせません！）

R バージョン 3.3.1 と spatstat バージョン 1.46-1 を実行しています

spatstat パッケージと ppp 関数を使用して、xy 位置に基づいて木の空間マップを作成しています。私はこれを行うことができました.各ポイントのサイズは木の直径に基づいています. 私ができなかったのは、ここでいくつかの助けを見つけたいと思っていることですが、これらの異なる円を表示し、プロット内に6つの樹種を含めることができる凡例を作成することです. 私が使用しているコードは次のとおりです。

プロット内のすべての種に同様の構造があります (ニシツガとコードは同じです...)

ありがとう! </p>

~250 の Clark および Evans テスト (clarkevans.test) を手動で実行することを避けようとしています。

Excelファイルにxmin、xmax、ymin、ymax座標のテーブルがあり、各行はオペレーティングウィンドウの寸法です。

Excel ファイル (read.csv) を RI に読み込んだ後、"適用" と "owin" を連携させて各行の owin を出力するようには見えません。最終的には ppp を作成し、同様の方法で clarkevans.test を実行する必要がありますが、今はこの最初のステップで助けが必要です。

いくつかのバリエーションを試しましたが、何も機能しません。

私は現在、Lascelles et al (2016) の論文「Applying global criteria to tracking data to define important areas for Marine Conservation」で提供されたスクリプトを使用して移動データを分析しています。スクリプトにいくつかの変更と追加を行いましたが、必要なさまざまなパッケージが同じバージョンの R 内で機能しないという問題に直面しています。

パッケージ「trip」を使用していますが、これは>=3.2.5で動作しますが、>=3.3.0で動作するspatstatに依存しています。スクリプトは「sp」パッケージのオーバーレイ機能も使用しますが、この機能は廃止されたため、実行するには古いバージョンの R が必要です (以前はバージョン 3.0.3 を使用していました)。

同じプロジェクト内で R の複数のバージョンを使用する方法はありますか? または、同じ R バージョン内で機能しない関数を使用しないようにスクリプトを書き直す必要がありますか?