問題タブ [tkplot]

これはワイルドで奇妙な夢かもしれません。tkplotfromをigraph介してラテックスドキュメント内に配置できることを夢見ていましたknitr。Yihui はアニメーションのことをよく知っているので、これは可能かもしれないと思いました。グーグル検索は私が何をしたかを示していなかったので、ここではうまくいかない試みです：

私はRをまったく初めて使用します。ソーシャルネットワーク分析に取り組んでおり、ネットワークプロットを視覚化したいと考えています。igraph、ggplot2、tcltk などのさまざまなパッケージをインストールしました。コードは次のとおりです。

このコードを実行すると、次のエラーが発生しました。

答えを探してみましたが、解決方法がはっきりとわかりませんでした。誰かがこのエラーを解決するのを手伝ってくれますか?

RStudioを介してサーバー上でRを使用しています。

igraph の tkplot 関数に座標のマトリックスを供給する方法はありますか? レイアウト引数を座標のマトリックスに設定しようとしましたが、空白のプロットが生成されます。

座標を plot.igraph() にフィードして、必要な場所に頂点がある有向の加重エッジ プロットを作成できます。しかし、矢印はファンキーです。矢印はエッジの下に配置されるため、エッジが十分に広い場合 (私の一部はそうです)、矢印は少なくとも部分的に隠されます。エッジと矢印の幅を変更しようとしましたが、一部のエッジの重みが強すぎます。tkplot で生成された矢印は、私が望むものに近いものです。

以下の最初のプロットは、plot.igraph で作成された望ましくない矢印に対応しています。2 番目のプロットは、tkplot からの目的の矢印です。

いらない矢：

私が欲しい矢：

どちらか一方を行う必要がある理由は、ノードがまったく同じ場所にあるこれらのグラフをさらにいくつか作成する必要があり、tkplot を使用して手動で移動し続ける必要がないためです。毎回周りのノード。かなりの数があり、以前とまったく同じ位置に配置することも不可能です。

うまくいけば、これは十分に具体的です。初めて投稿するので、他にどんな情報を載せたらいいのか教えてください。R 2.15 と 2.11 を実行しているマシン、および igraph パ​​ッケージ 0.5.5 と igraph 0.6.5 で tkplot 座標を指定しようとしました。

これがどこかにある場合、時間を無駄にして本当に申し訳ありません。私はしばらくの間、卒業生の PI と頭を合わせて考えてみましたが、ここ数日間行き止まりにぶつかっています。フィードバックをお寄せいただきありがとうございます。

現在、 でプロットされたネットワークがありtkplot()ます。もともと、これらのプロットを png として保存していましたが、圧縮されすぎていたので、スクリーン ショットがどのようにtkplot見えるかが気に入りました。プロットの背景を白くする方法はありますか? ライトグレーの代わりに。

頂点サイズをラベルに一致させるために、このフォーラムの別の投稿で提案されているスクリプトを適用しようとしています: Match vertex size to label size in igraph。plot 関数のソリューションは完全に機能しますが、同じ構文を tkplot 関数に使用することはできません。plot を tkplot に置き換えると、エラー メッセージが返されます。私のフィギュアには多くの頂点と長すぎる頂点ラベルがあり、頂点の位置を手動で再調整できるようにしたいので、後者を使用する必要があります。誰か助けてくれませんか？

パッケージを介して HTML (Rmd からのニット) ドキュメント内にパッケージから を含めよtkplotうとしています。ここで、ラテックスについて非常によく似た質問をしました（これはもっと難しいはずです）。Yihui は答えましたが、そのフックと学習をこの状況に移すことはできません。Knitr で Rmd ファイルを使用して HTML ドキュメントに次のコードを埋め込むにはどうすればよいですか?igraphknitrtkplot

異なる処理下での植物の形質を表す 4 つの相関ネットワークを作成しています。2つが完璧になりました。明らかにコードは機能します。基礎となる 4 つのマトリックスは同じ構造を持っています (数字が異なるだけです)。最後の 2 つのネットワークをプロットしようとすると、エラーが発生します

構造体のエラー (.External("dotTclObjv", objv, PACKAGE = "tcltk"), class = "tclObj") : [tcl] スクリーン距離 "NaN(7a2)" が正しくありません。

使用されるコードは、プロットを行う 2 つのネットワークと同じであり、基になる行列の構造も同じです。マトリックスが違うだけ。それ以外はすべて正確なコピーであり、matrix-name のみが変更されています。

この特定のエラーの意味がわかりません。ここにも、グーグルにもありません。また、何が原因で、どのような解決策があるのか​​もわかりません。アイデアがあることを願っています。

これは、プロットを行うグラフのコードです

エラーを返すグラフのコードは次のとおりです

前述のように、基になるマトリックスのみを変更しました（Y1WからY1Hへ）...

次のようなデータセットがあります。

(元のデータには、最大 200 行 (約)、最大 10 列が含まれる可能性があります。この削減されたデータ セットを使用して問題を説明します。このデータ セットから、次のコードを使用してフローチャート (またはツリー) をプロットします。 -Chart) igraphR でパッケージを使用する (以下のコードは部分的に R のタブ付きテキストからのツリーチャートの作成に基づいています):

結果のプロットは、この投稿に添付されています。

この縮小されたデータセットを使用すると、プロットは問題ないように見えます。ただし、より大きなデータ セットを使用すると、イベント (event5、event6 など) が「重なり」始め、グラフが読みにくくなります。したがって、エッジの位置または分離を制御する方法があるかどうか疑問に思っていました。また、読者は、ラベル (この場合はすべて番号 1) がエッジの上にあることに気付くでしょう。理想的には、ラベルを端からはみ出させたいと思います (パッケージを使用する人もいると読みましたが、(?)qgraphを使用してすべてを実行できると想定しています)。igraph

tkplot結果のプロットのサイズを制御できるように見えるので、 を使用してみましたが、次のエラーが表示されます。

私はスタックオーバーフローで、このエラーがいくつかの残りのtcl/tk 8.5インストールに関係している可能性があることを読みました（rmsパッケージから「検証」を実行するとTCLKエラーが発生します）が、確認しましたが、私の場合ではありません（したがって、このエラーを解決する方法。)

この段階では、グラフ プロットの美学を制御するために専門家の助けが必要です。要約する：

1-ここに示されているプロットのエッジ間の位置や角度を制御するにはどうすればよいですか? もう 1 つのオプションは、クォーツ プロット ウィンドウの全面をより適切に使用することです。

2-エッジに関連付けられたラベルの位置を制御するにはどうすればよいですか?

3- それほど重要ではありませんが、このtkplotエラー メッセージはどこから来たのですか?

前もって感謝します

R にグラフを組み込み、色付きの if ステートメントを使用していくつかの頂点を色付けすることに成功しました。このtkplot関数を使用して視覚化を改善しました。
今、私は次のグラフを持っています:

および次の頂点セット

E と L の接続の着信と発信を赤で、その他すべてを黒で色付けしたグラフをプロットする必要があります。
明確にするために、次の接続行が赤で必要です

これに対する解決策はありますか？