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Trilinosを使用して分散線形代数に基づくアプリケーションを構築しています。主な問題は、メモリ消費量が予想よりもはるかに多いことです。

Epetra :: VbrMatrixを構築するための簡単なテストケースを作成しました。150万のdoubleが、3つのdoubleの500万ブロックとしてグループ化されています。これは約115MBです。

それぞれ半分のデータの2つのプロセッサでマトリックスを構築した後、各プロセッサで500MBのメモリ消費が発生します。これは、データの約7.5倍です。私には不合理に見えます。マトリックスには、ゼロ以外のブロックを見つけるための整数配列が必要です。 。

私はtrilinos-usersメーリングリストで尋ねました、彼らはメモリ使用量が高すぎるように見えると言います、しかしここでもう少し助けが欲しいです。

Ubuntu + gcc 4.4.5 + Trilinos 10.0を搭載したラップトップと、PGIコンパイラとTrilinos 10.4.0を搭載したクラスタの両方でテストしたところ、結果はほぼ同じです。

私のテストコードは要点https://gist.github.com/848310にあり、ラップトップで2つのMPIプロセスを使用したテストのさまざまな段階でメモリ消費量も記述しています。

誰かが本当に役立つだろう提案があれば。また、メモリ消費量をビルド、実行、レポートすることさえできれば、それは素晴らしいことです。

Mac OS X 10.6.8 でTrilinosライブラリを構築しようとしています。基本的には、このページの指示とTrilinos に含まれるCMake クイックスタート ドキュメントに従っています。

CMake でビルドするには、/usr/local/trilinos などのディレクトリを設定し、その中に ./do-configure スクリプトを作成して実行することを手順で推奨しています。私のスクリプトは次のとおりです。

このスクリプトを実行すると、エラーが表示されるまで構成が開始されます。詳細な出力は、http: //pastebin.com/abrEghD7にあります。

メッセージの関連部分は次のとおりだと思います。

ただし、スクリプトが Fortran および C++ コンパイラを非難する理由を説明することはできません。「Hello World」で Fortran コンパイラをテストし、プロジェクト全体で OS X の C++ コンパイラを使用しました。私が知る限り、両方のコンパイラは適切に動作します。

誰が何が間違っているのか推測できますか?

編集:個々のコンパイラの問題ではなく、互換性の問題のようです。

trilinos 11.0.3をインストールしたばかりですが、cmakeを使用して最初のアプリケーションをコンパイルしようとしています。

私がコンパイルしようとしているファイルはここにあります http://code.google.com/p/trilinos/wiki/EpetraSimpleVector

最初のコマンドcmakeは機能しているようですが、各trilinosパッケージに次の警告が表示されます（関連する場合に備えて）。

それ以外は、トリリノスの場所が含まれており、ライブラリが正しく検出されているようです

ただし、makeコマンドは次のような同様のエラーのリストを生成します。

ここで何が起こっているのか分かりますか？

（最初にteuchosパッケージからコードをコンパイルしようとしたため、ソースファイルにteuchos_test.cppという名前を付けましたが、上記と同様のエラーが発生していました）

ありがとうございました

ジョルゴス

trilinosすでに静的に構築されているクラスターにアクセスできます。

pytrilinosそれらのライブラリにリンクして自分だけを構築することは可能ですか? または唯一の方法は、すべてをtrilinosソースからビルドすることですか?

ありがとう！

私は Trilinos パッケージ、特に Trilinos の Epetra 部分を扱っています。Epetra_CRSMatrices を使用して計算を行っていますが、これらの行列の数学関数が見つかりませんでした。特に、2 つの Epetra_CRSMatrix の積、および Epetra_CRSMatrix と Epetra_Vector の積を計算するために、Epetra_CRSMatrix の転置と逆数を計算する必要があります。これらの操作の標準関数はありますか? 上記のクラスの機能を確認しましたが、何も見つかりませんでした。

Trilino パッケージを使用して簡単なテスト プログラムをコンパイルしようとしていますが、何か問題があります。私の知る限り、Trilino のインストールはうまくいきましたが、リンクなどに何か問題があるに違いありません。以下は私のmakefileです：

そして、ここにプログラムがあります：

ただし、 make を実行すると、次のように返されます。

メイン内のコードのすべての部分について、インクルードについて不平を言っていないにもかかわらず、Epetra パッケージを見つけることができないようです。何が問題なのか、誰にも手がかりがありますか? 私は C++/C の初心者であり、Trilino パッケージの取り扱いはかなり複雑なので、ヒントをいただければ幸いです。

私は何年もの間、Trilinos LOCA (c++) で疑似弧長連続、非線形ソルバーのユーザーでしたが、最近、python パッケージ petsc4py に出くわしました。これにより、速度がわずかに低下するためのプログラミングが大幅に簡素化されました。

petsc4py で唯一欠けているクラスは、疑似アークレングス継続ソルバーです。PETSC には疑似時間ステッパー ソルバーがありますが、ターニング ポイントがアルゴリズムを分解するので、これはほとんど役に立ちません。

Trilinos LOCA には PETSC のラッパーがありますが、c や c++ ではなく Python (petsc4py から) で問題が指定されているソリューションを探していました。

したがって、petsc4py で記述された、または petsc4py から呼び出し可能で、疑似弧長継続を実装するクラスを探しています。

どうもありがとうございました。