問題タブ [tufte]

標準の箱ひげ図が非常に混雑しているように見える十分なグループに分割したデータがいくつかあります。Tufte には、次のように、基本的にボックスのすべてまたは半分をドロップする独自のボックスプロットがあります。

いくつかのサンプルデータ:

食事 * 時間 * ひよこグループごとに体重の箱ひげ図が必要です。

この問題は何年も前に発生し、グリッド グラフィックスを使用して解決策をまとめました。これについては、後で投稿します。しかし、この新しい（そして同様の）問題を解決する際に、私のまとまりのない例を修正するのではなく、それらを行うための標準的な方法があるかどうか疑問に思っています。

余談ですが、これらは Tufte の作品の中であまり愛されていないように見えますが、多数のグループにまたがる分布のパターンを密に表示する点で非常に気に入っています。 ggplot2 または格子。

今日はSweaveまたはLaTeXを使用する最初の日であることを告白しなければなりません。はい、それは本当だ。私は今日、私の「40歳以前」のバケットリストは、私の関与がなければ解決しないことに気づきました。そして、私の世代の多くの男性のように、SweaveとLaTeXを学ぶことは私のバケツリストにあります。

したがって、その長い前文で、私は非常に素晴らしい最初のSweaveドキュメントを持っています：

これはこの素晴らしい出力を生成します：

とても素晴らしいです。しかし、私が本当にやりたいのは、Tufte-LaTeXクラスのような素晴らしいLaTeXクラスを導入し始めることです。これは、私が理解していることから、基本的に私のドキュメントを素晴らしい、インスピレーションを得た芸術作品に変えます。

では、Tufte-LaTeXビジネスをSweaveドキュメントに組み込み、それを使用してドキュメントをより魅力的にするにはどうすればよいでしょうか。

私はこの関数をsparklinesRですばやく簡単に使用していますが、y軸の目盛りラベルの醜い重なりを避けるためにフォントサイズを変更する方法がわかりません。これが私のコードです（再現可能な例については以下を参照してください）：

sparklines(gamma.df, sub=c(1:23),outer.margin = unit(c(2, 2, 2, 2), "cm"))

そして結果のプロット：

でy軸を完全に抑えることができそうです

sparklines(gamma.df, sub=c(1:23),yaxis=FALSE,outer.margin = unit(c(2, 2, 2, 2), "cm"))

しかし、私が本当に欲しいのは、目盛りの数字を縮小することです（そして、線の下に灰色の塗りつぶしを追加しますが、画面上にポリゴンを描画する必要があるように見えますが、これはおそらく別の質問に値するのに十分な問題です...と別のパッケージ)。

ドキュメントは、 gparが関連している可能性があることを示唆しています:「グラフィックス パラメーターのリストが必要なすべての場合において、有効なパラメーター名は、適切な呼び出しで gpar に渡された場合に有効な名前と同じです。」しかし、私の試みのどれもどこにも到達していないように見えるので、それを理解するには少し助けが必要です (cex.axis と axis() についても同様です)。R のgridグラフィックスに関する専門家はいますか? より良い品質のスパークライン スタイルの出力を提供する、十分に文書化された完全に異なるアプローチ (ggplot2?) へのリンクも歓迎します。

私の問題を再現するデータとコードの例を次に示します。

そして、これは、y 軸の目盛りに醜い重なり合った数値を含む結果のデータ プロットの例です。

更新: @geek-on-acid の非常に役立つplotコードと Tufte フォーラムのコード (以下を参照) を使用して、YaleToolkitパッケージを使用せず、問題ないように見える別のスパークライン メソッドを思いつきました。再現可能な例（実際には2行だけですが、私の教育のためにここに注釈が付けられています）：

これが結果の画像です。これは基本的に私の問題の解決策です。y 軸の目盛りは、データの最大値と最小値のみを表示し、垂直線を表示しないことで、見栄えを良くしようとしています。@geek-on-acid に、それらすべての下部に沿って単一の x 軸を取得する方法に関するヒントをありがとう。

最後に、完全を期すために、 Tufte フォーラムで見つけた Jason Dieterle によるTufte のスタイルに近いスパークラインのコードをいくつか含めます。それらは私のものよりもはるかに見栄えがしますが、コードは一度に 1 つのプロットしか実行しません。元の投稿は次のとおりです。

そして、彼の出力は次のようになります (少し拡大):

YaleToolkit パッケージに加えて、stats.stackexchangeで知ったが試していないsparkTableパッケージがあります。R-forge には、スパークラインを作成するための別のパッケージのエントリがありますが、これはアクティブでも有用でもないようです。

sparkBar は実行できますが、sparkHist は実行できません。これは可能ですか？

これは、sparkBar を作成する方法の例です (からexample(newSparkBar):

対応するデータ行の横に実行されている小さな四分位数のプロットを含む、Tufteによって考案されたテーブルの素晴らしいバージョンがあることを覚えている場合：

パッケージNMOFと関数を使用してRにこのようなソリューションを実装しますqTable。これにより、基本的に上記のテーブルが作成され、LaTeXコードとして出力されます。

この視覚化の方法は、提示する情報が少量で、完全なグラフのためにスペースを無駄にしたくない場合に特に便利です。しかし、私は少しハックしたいと思いqTableます。分位数プロットを表示する代わりに、平均の標準誤差を表示したいと思います。私はそのような機能をハッキングするのは得意ではなく、ブルートフォースを使ってそれを行いました。qTable分位数を計算する関数の行を置き換えました。

標準誤差を計算する非常に残忍なもので：

私はそれがおそらく持続不可能なアプローチであることを知っていますが、実際にはある程度機能します-それは標準誤差をプロットしますが、プロットにこのギャップを保ちます：

そして、このギャップをなくしたいと思います。

これは、上記で説明した変更を加えたqTable関数です。

tufte_template rmarkdown ファイルを使用して、新しい段落を作成しようとしています (のよう\newthought{}に、ただし大文字は使用しません)。ここでは * で示される 2 つのスペースを使用します。

しかし、この結果が得られます:

2 番目のスペースのペア (**) の代わりにも試してみ\nましたが、pandoc はエラーをスローします。

最後に、<br>タグを使用してみましたが、まったく効果がないようです。テキストや PDF への改行は印刷されません。

\newthought{} に似た、インデントなしの新しい段落が必要ですが、大文字化はありません...方法はありますか?

sessionInfo() で1 を更新します。

更新 2

これは、特に Tufte テンプレートを使用しているときに発生する問題のようです。

Tufte Sparklines (彼のBeautiful Evidenceに示されているように) は、 YaleToolkitの一部としてベース グラフィックスに複製され、この質問の結果としてさらに完成されました。スパークラインは、私の小さなサイド プロジェクトTufte in Rの一部としてラティスでも作成されています(自己宣伝は意図されていません)。私の目標は、ggplot2で Tufte スパークラインを複製することです。GistやSO に関するこの質問への回答として、いくつかのスクリプトが浮かんでいますが、それらのどれも、複製可能な一連のスパークラインを作成するための強固な基盤を提供しません。

ここで、これらの複数のスパークラインを次のように表示したいと思います (ベース グラフィックスで行われ、コードはこちらから入手できます) - ドットは最大/最小値を表し、右端の数字は特定の時系列と灰色の帯の最終値です。大まかな分位範囲を示します。

私は遠く離れていませんが、最小/最大値とラベルの割り当てにこだわっています: