問題タブ [vcf-variant-call-format]

最初に vcf.gz ファイルを解凍したくありません。なぜなら、それは大きなファイルであり、私のラップトップにはそのためのスペースがないからです。私はやってみました：

gunzip -c file.vcf.gz > bgzip -c > file.vcf.bgz

しかし、うまくいきませんでした。考え？

各染色体の SNP のグループに基づいて、より小さな VCF ファイルを作成しようとしていました。この構文を使用して、最初の 3 つを手動で作成しました

次に、染色体 4 ～ 17 の bash ループで同じ関数を実行しようとしました。

私はいくつかの異なる方法を試しましたが、そのうちの 1 つだけが機能し、希望どおりの方法ではありませんでした。

最初に試した

しかし、それを実行すると、chr.vcfという名前のファイルが1つだけ出力されます

私はそれから試しました

しかし、まったく同じ結果が得られました。

それから私はこれを試してみて、さらに遠くに行くことに気づきました

私はついにこれを試しました：

それは機能しましたが、必要な chr4SNPS.vcf の代わりに chr4.snps.vcf の形式のファイルを生成しました