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python - VCF ファイルをメモリにロードし、pyvcf で読み込む
私はpythonとバイオインフォマティクスが初めてです。
最初に VCF ファイルをメモリにロードしてから pyvcf ライブラリで解析しようとしていますが、次のエラーが発生します:「IndexError: list index out of range*」答えが見つかりません。
ちなみに、コードは次のとおりです。
私は何をすべきか？これを行うより良い方法はありますか？
いくつかのタスクを実行するために何百行ものコードを記述したため、pyvcf ライブラリを変更して別のライブラリに移動することは不可能であることに注意してください。vcf ファイルをメモリにロードしてから、pyvcf でこれらのタスクを実行したいだけです。
bioinformatics - BCF に変換する前の vcf ファイルの変更
CHR:POS:POS:REF:ALTVCF の ID フィールドが?に設定されている、以前に作成した bcf ファイルに新しい vcf ファイルを追加しています。
VCF の ID フィールドを に設定するにはどうすればよいCHR:POS:POS:REF:ALTですか?