問題タブ [vcftools]

bcftools最近、コマンド ラインで (バリアント ファイルを処理するための) コマンドを試しました。

私が試したコマンドを以下に示します

ただし、コマンドは機能していましたが、マージに時間がかかりました。そのため、システムを一晩オンにして実行しました。

ただし、目が覚めたときに、電力不足のためにシステムがシャットダウンされていることがわかります

Unix/Linux ターミナルでの最後のコマンドが成功したかどうかを知るにはどうすればよいですか?

上記のコマンドは単なる例です。でそれを確認する方法を説明することもできますsimple gzip operation。

final.vcf.gzコマンドの実行が開始されるとすぐに、このファイルが生成されていることがわかるため、コマンドが成功したとは言えません。だから頼りにならない

何か助けてください。

vcftools パッケージを利用して堰とコッカーハムの fst を計算しようとしています。最初に 2 組の集団をループし、次に 1000 Genomes プロジェクトのすべてのバリアントでこれらの集団をループしたいと思います。各染色体には個別の vcf ファイルが含まれています。たとえば、pop1 と pop2 の場合、pop3 と pop4 の場合、染色体 1 ～ 10 の fst を計算します。各集団ファイル (LWKfile など) には、この集団に属する個体のリストが含まれています。

私は試みました：

ただし、これはすべてのファイルをループするわけではなく、染色体 10 でスタックしているようです。ループ内のループが遅すぎるのではないかと懸念しているため、bash でこれを実行するより効率的な方法はありますか。