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python - メタデータ + 値から xarray DataSet を作成する簡単な方法は?
私は最近、10k-100k サンプル ( cells) x 20k フィーチャ ( genes) のスパース値である単一細胞 RNA シーケンス データを扱っており、多くのメタデータ、たとえば組織 (「脳」対「肝臓」) も含まれています。 ") の起源。メタデータは 10 ～ 100 列で、pandas.DataFrame. 現在、xarray.DataSetsメタデータを辞書化して座標として追加して作っています。ノートブック間でスニペットをコピーしているので、扱いにくく、エラーが発生しやすいようです。もっと簡単な方法はありますか？
編集：
いくつかのサンプル データを表示するには、次のようにしますcell_metadata.head().to_csv()。
とcounts.iloc[:5, :20].to_csv()
Re: pandas.DataFrame.to_xarray()- これは信じられないほど遅く、数値データとカテゴリ データの両方を 100 レベルの MultiIndex としてエンコードするのは奇妙に思えます。それを使用しようとするたびに、MultiIndex「ああ、それがMultiIndexを使用しない理由です」と言って、別のメタデータとカウントデータフレームに戻ります。
python - xarray の名前インデックスを使用して値を設定する
xarrayを使用してパンダパネルで行ったMAクロスオーバーを試みています。
私が使用しているデータ：
パンダパネルで動作するコード:
パネルを xarray に変換した後、xarray で次のことを試しました。
次のエラーで、sel インデックスを使用して値を設定できないようです。
xarray でこのサブセットを選択し、意図したとおりに値を設定する方法はありますか?
ありがとう！