以下の例は、シェルスクリプトでRコードを実行する2つの方法を示しています。スクリプトがsource()関数を介してインタラクティブなRセッションにロードされる場合、どちらの例でも、関数を実行せずに関数を定義します。
最初の例では、他のシェルスクリプトと同じように引数を指定できますが、Rに追加のRオプションを渡すことはできません(Rscriptは引数の1つとしてRに「--args」を指定するため)。
2番目の例では、追加のRオプションを指定できますが、スクリプト引数の1つとして「--args」を指定しない限り、(無害な)警告メッセージが生成されます。特別な要件がない限り、このバージョンは避けるのが最善です。
プロトタイプ-Rscript.r
#!/usr/bin/env Rscript
# Prototype R script for use at command line in Linux, Mac OS X, UNIX
# References:
# Manual "A Introduction to R", available via help.start() from the R Console
# Appendix "B.1 Invoking R from the command line" in "A Inroduction to R",
showArguments <- function(argv) {
print(argv)
0
}
if ( ! interactive() ) {
# set some error return codes
SCRIPT_ERROR <- 10 # see documentation for quit()
SCRIPT_ARG_ERROR <- SCRIPT_ERROR + 1
# Define ARGV as script path concatenated to script arguments
ARGV <- commandArgs(FALSE) # start with all the arguments given to R
scriptPath <- sub("^--file=", "", grep("^--file=", ARGV, value=TRUE)) [[1]]
ARGV <- c(scriptPath, commandArgs(TRUE))
if (length(ARGV) < 2) {
cat(file=stderr(), sep="",
"Usage: ", ARGV[[1]], " [ options ] item ...\n",
" Do something with item\n",
" See script for details\n")
quit(save="no", status=SCRIPT_ARG_ERROR)
}
quit(save="no", status=showArguments(ARGV))
}
プロトタイプ-shellscript.r
#!/usr/bin/env R --slave --vanilla --quiet -f
# Prototype R script for use at command line in Linux, Mac OS X, UNIX
# References:
# Manual "A Introduction to R", available via help.start() from the R Console
# Appendix "B.1 Invoking R from the command line" in "A Inroduction to R",
showArguments <- function(argv) {
print(argv)
0
}
if ( ! interactive() ) {
# set some error return codes
SCRIPT_ERROR <- 10 # see documentation for quit()
SCRIPT_ARG_ERROR <- SCRIPT_ERROR + 1
# Define ARGV as the arguments given to this script (after argument “-f”)
ARGV <- commandArgs(FALSE) # start with all the arguments given to R
ARGV <- ARGV[(grep("-f", ARGV) [[1]] + 1):length(ARGV)]
if ( any(grepl("--args", ARGV) )) { # remove arguments intended only for R
ARGV <- c(ARGV[[1]], commandArgs(TRUE))
}
if (length(ARGV) < 2) {
cat(file=stderr(), sep="",
"Usage: ", ARGV[[1]], " [ R_options ] --args [ options ] item ...\n",
" Do something with item\n",
" See script for details\n")
quit(save="no", status=SCRIPT_ARG_ERROR)
}
quit(save="no", status=showArguments(ARGV))
}