16

次の select ステートメントがあります (sqlite3 と pysqlite モジュールを使用):

self.cursor.execute("SELECT precursor_id FROM MSMS_precursor "+
  "JOIN spectrum ON spectrum_id = spectrum_spectrum_id "+
  "WHERE spectrum_id = spectrum_spectrum_id "+
  "AND ROUND(ion_mz,9) = ? AND ROUND(scan_start_time,4) = ? "+
  "AND msrun_msrun_id = ?", select_inputValues)

Python で実行すると 55 秒かかります。SQLite コマンド ラインで直接実行すると、わずか 15 ミリ秒しかかかりません。31283 ndeklein 18 0 126m 24m 3192 D 1.0 0.0 2:02.50 pythonここで、このステップで Python プログラムが中断されずにスリープ状態になり ( 、上部の出力の D )、100% CPU から約 1% CPU に低下することに気付きました。このクエリ中に気づいたので、ここで質問したクエリを実行したときの上部の出力も調べました。この間、top は途切れることなくスリープ状態になることも示していますが、R と D の間を行ったり来たりして、約 50% までしか遅くなりません (D と R のどちらの状態かによって変動します)。

だから今、これがクエリを遅くしていると思います（中断されないスリープがプログラムの速度とは何の関係もない場合は修正してください）。これが正しい場合、プログラムがこの状態にならないようにするにはどうすればよいですか?

更新 1:

Python を使用した EXPLAIN QUERY PLAN は以下を返しました。

(0, 0, 1, u'SCAN TABLE spectrum (~50000 rows)')

sqlite のコマンド ラインを使用した EXPLAIN QUERY PLAN は、以下を返しました。

0|0|1|SCAN TABLE spectrum (~50000 rows)
0|1|0|SEARCH TABLE MSMS_precursor USING INDEX fk_MSMS_precursor_spectrum_spectrum_id_1 (spectrum_spectrum_id=?) (~2 rows)

Python を使用した EXPLAIN は以下を返しました。

(0, u'Trace', 0, 0, 0, u'', u'00', None)

sqlite を使用した EXPLAIN は以下を返しました。

0|Trace|0|0|0||00|
1|Real|0|1|0|438.718658447|00|
2|Real|0|2|0|692.6345000000001|00|
3|Integer|1|3|0||00|
4|Goto|0|39|0||00|
5|OpenRead|1|33|0|13|00|
6|OpenRead|0|39|0|5|00|
7|OpenRead|2|41|0|keyinfo(1,BINARY)|00|
8|Rewind|1|35|0||00|
9|Column|1|8|5||00|
10|RealAffinity|5|0|0||00|
11|Integer|4|6|0||00|
12|Function|2|5|4|round(2)|02|
13|Ne|2|34|4||6a|
14|Column|1|12|4||00|
15|Ne|3|34|4|collseq(BINARY)|6c|
16|Column|1|0|8||00|
17|IsNull|8|34|0||00|
18|Affinity|8|1|0|d|00|
19|SeekGe|2|34|8|1|00|
20|IdxGE|2|34|8|1|01|
21|IdxRowid|2|7|0||00|
22|Seek|0|7|0||00|
23|Column|1|0|9||00|
24|Column|2|0|10||00|
25|Ne|10|33|9|collseq(BINARY)|6b|
26|Column|0|1|5||00|
27|RealAffinity|5|0|0||00|
28|Integer|9|6|0||00|
29|Function|2|5|11|round(2)|02|
30|Ne|1|33|11||6a|
31|Column|0|0|13||00|
32|ResultRow|13|1|0||00|
33|Next|2|20|0||00|
34|Next|1|9|0||01|
35|Close|1|0|0||00|
36|Close|0|0|0||00|
37|Close|2|0|0||00|
38|Halt|0|0|0||00|
39|Transaction|0|0|0||00|
40|VerifyCookie|0|31|0||00|
41|TableLock|0|33|0|spectrum|00|
42|TableLock|0|39|0|MSMS_precursor|00|
43|Goto|0|5|0||00|

そして iostat は以下を返しました:

io-bash-3.2$ iostat
Linux 2.6.18-194.26.1.el5 (ningal.cluster.lifesci.ac.uk)         06/04/2012

avg-cpu:  %user   %nice %system %iowait  %steal   %idle
           14.35    0.00    0.30    0.01    0.00   85.34

Device:            tps   Blk_read/s   Blk_wrtn/s   Blk_read   Blk_wrtn
sda               1.16         4.55        17.22    1520566    5752802
sda1              0.00         0.02         0.00       5074         34
sda2              1.16         4.53        17.22    1515184    5752768
sdb               0.00         0.02         0.00       5108          0
dm-0              2.29         3.88        16.70    1297226    5579336
dm-1              0.00         0.00         0.00        928          0
dm-2              0.11         0.65         0.52     216106     173432

更新 2

データベースをMySQLに移行しましたが、ここではクエリに約0.001秒しかかかりませんが、実行している他のすべてのクエリでは、実際にはsqliteよりも遅いです(sqlite用に最適化したので、これは驚くべきことかもしれません)。

4

2 に答える 2

2

あなたがした以前の質問への回答で述べたように、sqlite モジュール apsw を試してみましたか? ウェブサイトから：

APSW は、SQLite 組み込みリレーショナル データベース エンジンの Python ラッパーです。pysqlite などの他のラッパーとは対照的に、完全な SQLite API を Python に変換しようとする SQLite 上の最小限のレイヤーであることに重点を置いています。ドキュメントには、APSW と pysqlite の違いに関するセクションがあります。

私は自分で試してみましたが、「実際の」Sqlite (つまり、クライアントまたは C ライブラリ) によって SQL ステートメントがどのように実行されるかを実際によりよく反映しているようです。

于 2012-06-09T17:15:44.670 に答える
0

SQLite と Python にはパフォーマンスの問題があります。詳細については、このスレッドをお読みください。そこにはいくつかの提案があります - それらを試してみてください.結合フィールドにインデックスを追加したり、pysqlite を使用したりするなど、うまくいくかもしれません.

http://www.mail-archive.com/python-list@python.org/msg253067.html

于 2012-06-05T15:45:06.927 に答える