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私は2つの異なる場所での種間の形質の類似性を示すマトリックスを持っています。

relationship<-matrix(1:6,ncol=2)
colnames(relationship)<-c("Sp1","Sp2")
rownames(relationship)<-c("Sp3","Sp4","Sp5")

     Sp1 Sp2
Sp3   1   4
Sp4   2   5
Sp5   3   6

また、各サイトでの存在量を示すマトリックスもあります

abundance<-matrix(1:5,ncol=1)
rownames(abundance)<-c("Sp1","Sp2","Sp3","Sp4","Sp5")
colnames(abundance)<-"abundance"

       abundance
 Sp1         1
 Sp2         2
 Sp3         3
 Sp4         4
 Sp5         5

次のように、軸に沿ってバープロットを使用してヒートマップを作成したいと思います。

ここに画像の説明を入力してください

元の質問への更新

あるいは（BenBarnesによって提案されたように）、色の「強度」を示すためにタイルとマトリックスのサイズを制御するために存在量を使用してモザイクプロットを作成したいと思います。したがって、上記の例では、モザイクプロットは次のようになります。

ここに画像の説明を入力してください

また、どの方法が種間の関係とそれらの存在量間の関係を最も明確に示しているかについてのあなたの意見を知りたいですか？

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パッケージ関数（棒グラフ、画像など）を使用graphics すると、次のようなことができます。

bp1 <- barplot(t(abundance[3:5, ]), width = 0.2, space = 0.7, plot = FALSE)
bp2 <- barplot(t(abundance[1:2, ]), horiz = TRUE, width = 0.05, space = 1, plot = FALSE)


par(fig = c(0, 0.8, 0, 0.8), new = TRUE)
par(xaxt = "n", yaxt = "n")
image(relationship)
par(fig = c(0, 0.8, 0.55, 1), new = TRUE)
barplot(t(abundance[3:5, ]), width = 0.2, space = 0.7)
text(bp1, abundance[3:5,] - 0.5, c("Sp3", "Sp4", "Sp5"))
par(fig = c(0.65, 1, 0, 0.8), new = TRUE)   
barplot(t(abundance[1:2, ]), horiz = TRUE, width = 0.05, space = 1)
text(abundance[1:2,] - 0.5, bp2, c("Sp1", "Sp2"))

ここに画像の説明を入力してください

于 2012-08-24T12:00:58.713 に答える