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Biopython チュートリアルとクックブック (第 7 章)に従って、パイロシーケンシングの fasta ファイルをヌクレオチド GenBank データベースと比較するスクリプトを作成しようとしています。

プロセスの実行中、プロンプトに次のメッセージが表示されます。

result_handle=NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", record.seq)
            ^
SyntaxError: invalid syntax

そして、私は問題が何であるか、またはそれを修正する方法を知りません。スクリプトに後でエラーが発生する可能性があります。しかし今、私はそれで歩き続けることができません。

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あなたが与えたコードスニペットから、openコマンドの括弧ブロックを閉じる必要がありformatます.SeqIO.readopen

record=SeqIO.read(open("/Users/imac/Desktop/sinchimeras_1.fasta"), # close parens
    format="fasta")
result_handle=NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", record.seq)
archivo1=open("/Users/imac/Desktop/bacsoilpia0_otu.xml", "w")
archivo1.write(result_handle.read())
于 2012-09-18T12:35:58.250 に答える