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16S Microbial データベース形式を fasta 形式に変換したい。Blast+ プログラム (2.2.27+ バージョン Window) を使用しています。このプログラムをインストールでき、blastdbcmd コマンドを使用する必要があることがわかりました。問題は、コマンドを正しく記述する方法がわからないことと、次のエラー メッセージが表示 されることです。検索パス C:users\Debora\blast-2.2.27+ にヌクレオチド データベース 16SMicrobial が見つかりませんでした。 ; C:users\Debora\blast-2.2.27+\db\16SMicrobial

16S Microbial ファイルは db ファイルにあります。16S 微生物は解凍され、解凍されます。

環境変数を編集しようとしました。ユーザー変数とシステム変数を編集するつもりでしたが、何を書かなければならないのかよくわかりません。したがって、データベースが間違った場所にあると思われますが、修正方法がわかりません。

誰かが私を助けてくれることを願っています!!!!!

全てに感謝！！！

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blastdbcmd プログラムが 16s データベースを見つけられないことが原因です。最初に、データベースを .phr/.pin/.psq または .nhr/.nin/.nsq ファイルとして設定する必要があります。次に、プログラムがどこを見るかを知っていることを確認する必要があります。最も簡単な方法は、.ncbirc ファイルを使用することです。このファイルは、実際の blastdbcmd 実行可能ファイルと同じディレクトリにある必要があります。Windows では、ファイルは .ncbi.ini になると思いますが、よくわかりません。形式もわかりませんが、グーグルで検索できるはずです。私の mac でのアイデアを提供するために、ファイルには行が含まれてBLASTDB=/Users/myName/blast/dbいます。そのディレクトリは、データベースを保存している場所です。

于 2013-01-02T23:18:53.973 に答える