Bio::DB::EntrezGene
からのモジュールを使用してBioPerl
、数値 ID を指定して Entrez 遺伝子名を取得しています。
これは数か月間は問題なく機能し、最近では 2 週間前まで機能していました。しかし、最近はエラーしか返しません。
(私にとって) 最も奇妙なことは、ドキュメントからサンプル コードを実行しただけでも、これが発生することです。たとえば、これを実行すると:
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Bio::DB::EntrezGene;
my $db = Bio::DB::EntrezGene->new;
my $seqio = $db->get_Stream_by_id([2, 4693, 3064]); # Gene ids
while ( my $seq = $seqio->next_seq ) {
print "id is ", $seq->display_id, "\n";
}
exit;
私はこれを得る:
Replacement list is longer than search list at /Library/Perl/5.12/Bio/Range.pm line 251.
UNIVERSAL->import is deprecated and will be removed in a future perl at /Library/Perl/5.12/Bio/Tree/TreeFunctionsI.pm line 94
Data Error: none conforming data found on line 1 in /var/folders/2f/55z0d46n3l10bq650j6svgw89rmqw1/T/mkguvw1MOO/VR86iPUDSJ!
first 20 (or till end of input) characters including the non-conforming data:
::= {
{
track-
at /Library/Perl/5.12/Bio/SeqIO/entrezgene.pm line 171
何が起こっているのか、それを修正する方法について誰かがアイデアを持っていれば、それは大歓迎です. ありがとう!