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Bio::DB::EntrezGeneからのモジュールを使用してBioPerl、数値 ID を指定して Entrez 遺伝子名を取得しています。

これは数か月間は問題なく機能し、最近では 2 週間前まで機能していました。しかし、最近はエラーしか返しません。

(私にとって) 最も奇妙なことは、ドキュメントからサンプル コードを実行しただけでも、これが発生することです。たとえば、これを実行すると:

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;
use Bio::DB::EntrezGene;

my $db = Bio::DB::EntrezGene->new;

my $seqio = $db->get_Stream_by_id([2, 4693, 3064]); # Gene ids
    while ( my $seq = $seqio->next_seq ) {
            print "id is ", $seq->display_id, "\n";
    }

exit;

私はこれを得る:

Replacement list is longer than search list at /Library/Perl/5.12/Bio/Range.pm line 251.
UNIVERSAL->import is deprecated and will be removed in a future perl at /Library/Perl/5.12/Bio/Tree/TreeFunctionsI.pm line 94
Data Error: none conforming data found on line 1 in /var/folders/2f/55z0d46n3l10bq650j6svgw89rmqw1/T/mkguvw1MOO/VR86iPUDSJ!
first 20 (or till end of input) characters including the non-conforming data:
::= {
  {
    track-
 at /Library/Perl/5.12/Bio/SeqIO/entrezgene.pm line 171

何が起こっているのか、それを修正する方法について誰かがアイデアを持っていれば、それは大歓迎です. ありがとう!

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