perl - Perl でタンパク質を整列させるために置換行列を使用して Smith-Waterman アルゴリズムを変更するにはどうすればよいですか?

Question

Perl でタンパク質を整列させるために置換行列を使用してSmith-Waterman アルゴリズムを変更するにはどうすればよいですか?

[引用が必要]

Answer 1

私は実際にはバイオインフォマティクスの研究者であり、彼自身のバイオインフォマティクスコードが実行されるのを待っているので、ポーズがかなり悪い場合でも、あなたの質問に答えようとします。

Smith-Watermanアルゴリズムを「変更」する必要があると思う理由がわかりません。Smith-WatermanアルゴリズムがDNAの代わりにタンパク質を整列させる必要があるのは、タンパク質の置換マトリックスだけです。BLOSUMまたはPAMを調べます。これらは、かなり前に一部の生物学者によって手で整列された配列のさまざまなアミノ酸ペアの置換頻度に基づいています。

タンパク質配列の置換マトリックスの構築は、DNA配列の場合よりもはるかに複雑です。たとえば、ある親水性アミノ酸が比較的頻繁に別のアミノ酸に置き換わることが予想されます。これは、タンパク質の機能を失うことなく、ある親水性アミノ酸を置き換えることができる場合が多いためです。ただし、疎水性アミノ酸が親水性アミノ酸の代わりになることはあまり期待できません。これにより、タンパク質の構造が大幅に変化するためです。

置換行列をアルゴリズムの一部ではなく入力として表示する場合、Smith-Watermanアルゴリズムは、通常DNAまたはタンパク質に適用されますが、技術的には一般的な文字列アラインメントアルゴリズムです。

Answer 2

Bio::Tools::pSWから始めて、好きなように変更してみて、難しい場合は具体的な質問をしてみてください。