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私のマシン (Mac) でスタンドアロンの ncbi-blast-2.2.28+ を実行しようとしていますが、SwissProt データベースで blastp を実行すると、次のエラー メッセージが表示されます。

BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.00) referenced in alias file (/Users/me/bin/db/swissprot.00).

ここで私がしたこと:

1) ncbi サーバーから「ncbi-blast-2.2.28+-universal-macosx.tar.gz」をダウンロードして解凍

2) フォルダーの bin コンテンツを $PATH ディレクトリ "/Users/me/bin" に移動します。

3) "/Users/me/bin" に "db" フォルダーと、次のパスを含む ".​​ncbirc" ファイルを作成しました。

[BLAST]
BLASTDB=/Users/me/bin/db

4) SwissProt データベースをダウンロードし、「/Users/me/bin/db/」に次のファイルを取得しました。

swissprot.00.msk
swissprot.01.msk
swissprot.02.msk
swissprot.03.msk
swissprot.04.msk
swissprot.05.msk
swissprot.06.msk
swissprot.07.msk
swissprot.08.msk
swissprot.09.msk
swissprot.10.msk
swissprot.00.pal
swissprot.01.pal
swissprot.02.pal
swissprot.03.pal
swissprot.04.pal
swissprot.05.pal
swissprot.06.pal
swissprot.07.pal
swissprot.08.pal
swissprot.09.pal
swissprot.10.pal
swissprot.pal

次に、次のコマンドを使用して、任意の作業ディレクトリ (クエリ ファイルがある場所) から blastp を実行すると、次のようになります。

blastp -query input.fasta -db swissprot

次のエラー メッセージが表示されます。

BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.00) referenced in alias file (/Users/me/bin/db/swissprot.00).

他のスレッドで読んだように、コマンドラインでデータベースが配置されているパス全体を言及し、ファイル名から .pal 拡張子を削除しようとしました。しかし、まだ機能しません。

誰かが私が間違ったことを見ることができますか?!!!!

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4 に答える 4

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00 から 10 のフォルダーのすべてのファイルを db に配置し、.pal ファイルに 00 から 10 の部分が含まれていることを確認します (たとえば、nr データベースなど)。

"nr.00" "nr.01" "nr.02" "nr.03" "nr.04" "nr.05" "nr.06" "nr.07" "nr.08" "nr.09" "nr.10"

于 2015-03-16T06:33:05.113 に答える
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ダウンロードした Swissprot データベースには、nr データベースのエントリへのリンクのみが含まれています。そのため、nr データベースを追加でダウンロードして、SwissProt データベースを備えたマシンでスタンドアロン ブラストを実行する必要があります。重さは約 20 (!) Gb ありますが、これがないとブラストは機能しません。ここにリンクがあります: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

于 2013-11-06T22:52:21.863 に答える
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.pal ファイルのパスを確認しましたか?

于 2013-10-04T02:12:18.883 に答える