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以下のスクリプトを使用して種を表示する Detrended コレスポンデンス分析 (DCA) を作成しましたが、それにサイトを追加したいと考えています。の単純なスクリプトでこれを実行できることはわかっていますplot(vare.dca)が、グラフィックを改善した後はどうすればよいかわかりません。私はRを初めて使用するので、これが非常に単純な質問であれば申し訳ありません。助けてくれてありがとう！

bugs<-read.csv(file= "bugs.csv", row.names='Sites', sep=",", header=TRUE)
env<-read.csv(file= "envir.csv", row.names='Sites', sep=",", header=TRUE) 
library(vegan)

shnam <- make.cepnames(names(bugs)) # abbreviate Latin names
identify(pl, "sp", labels=shnam)
plot(vare.dca, dis="sp", type="n")
sel <- orditorp (vare.dca, dis="species", lab=shnam, pcol = "grey", pch="+")

「バグ」と「env」のデータはこちら: https://gist.github.com/anonymous/dcf0fad859eb879014b2

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一般的な方法は、次のようにpoints()メソッドを使用することです。

points(vare.dca, display = "sites", col = "red")

またはtext()、サイト/サンプル ラベルが必要な場合は、メソッドを使用します。

orditorp()も使用できます。引数を に変更するだけでdisplay = "sites"、 を読むことで確認できます?orditorp。

他にも多くのオプションがありますが、最も顕著ordipointlabel()なのは、さまざまなラベルの重複を防ぐためにより強力に機能するオプションです。

私はveganのこれらの関数に関する多くのブログ投稿を書きました。詳細な説明と例については、こちらを参照してください。

  1. ビーガン パート 1 での叙階プロットの整理: ordilabel()
  2. ビーガンパート 2 での叙階プロットの整理: orditorp()
  3. 序列プロットの整頓パート 3: ordipointlabel()
于 2013-08-01T14:56:39.777 に答える