メニューと同じ行にナビゲーション バーの「プル ライト」要素を配置するのに問題があります。jsfiddleに設定しました。大まかな概要は次のとおりです。
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<div class="container">
<ul class="nav nav-pills">
<li>....</li>
</ul>
<div class="pull-right">
<ul class="nav pull-right">
<li>....</li>
.... and so on
メニュー項目とユーザー ドロップダウンが同じ行にあるのが理想的です。メニュー バーの高さは、ボタンのサイズによって決まります。