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いくつかの非類似性尺度 (Bray-Curtis、Jaccard、Gower) の動作を比較したいと思います。主成分バイプロットを使用してこれが行われるのを見てきました（つまり、以下の Legendre and Caceres、2013 を参照）。

ここに画像の説明を入力

これについてどのように行うかについての提案はありますか？以下に提供されるサンプルデータ：

# Load the required packages
library(ade4)
library(vegan)
library(FD)

#Load data
data(dune)

# Calculate a series of dissimilarity measures for the data
dune.bc <- vegdist(dune, method="bray")
dune.mh <- vegdist(dune, method="manhattan")
dune.eu <- vegdist(dune, method="euclidean")
dune.cn <- vegdist(dune, method="canberra")
dune.k <- vegdist(dune, method="kulczynski")
dune.j <- vegdist(dune, method="jaccard")
dune.g <- vegdist(dune, method="gower")
dune.m <- vegdist(dune, method="morisita")
dune.h <- vegdist(dune, method="horn")
dune.mf <- vegdist(dune, method="mountford")
dune.r <- vegdist(dune, method="raup")
dune.bi <- vegdist(dune, method="binomial")
dune.c <- vegdist(dune, method="chao")

#Compare the behaviour of the dissimilarity measures using a PCA plot
# Suggestions on how proceed with this step would be greatly appreciated!
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うーん、それは著者がすることではありません。その論文を読んだ場合、PCA バイプロットは、k 個の非類似度行列の PCAではなく、各非類似度係数のプロパティの行列の 1 つです。基本的に、彼らは PCA を介して論文の表 2 を分析しました (*D*max とラベル付けされた右端の列を差し引いたもの)。

Procrustes 回転および関連する PROTEST 順列検定、または Mantel 検定以外に、非類似度行列を比較する方法がわかりませんprocrustes()。protest()mantel()

rankindex()別の比較として、係数と勾配値を比較できます。

于 2013-08-29T22:27:54.197 に答える