PHPStorm で FTP 経由でファイルをデプロイすると、ファイルの日時スタンプが1 時間ずれてサーバーに配置されます。その結果、すべてのファイルが同期していないように見えます。
展開オプションで、「ファイルのタイムスタンプを保持する」を有効にしました。
ワークステーションとサーバーの両方の日付タイムゾーン設定が同じであることを確認しました (サーバーは Windows Server を実行しています)。
FTP サーバーとして FileZilla を使用しています。
時間が1時間ずれているので、夏時間の関係でしょうか。
これと広範なGoogle検索以外。この問題を抱えている他の誰かの修正や例が見つかりません。