2

NCBIWWW.qblast オンライン検索用に Biopython から提供されたテスト ファイルを実行しようとすると、応答しなくなります。NCBIWWW.qblast を含むスクリプトを自分で実行しようとすると、同じことが起こります。この行に到着して停止します。エラーメッセージは発行されず、結果は受信されず、プロセスは決して終了しません。

問題を引き起こすスクリプトの 1 つが次のスクリプトです。

from Bio.Blast import NCBIWWW
result_handle=qblast('blastn', 'nt', 'AGAAAGGGTATATAAAATCAAGAATCTGGGGTGTTTGTGTTGACTTGTATAATTCTTGATTTTTTCAGGTAGTTGAAAAGGTGGGAGAAAAGTGGAGAAGCCTAAGCTGATATTGAAATTCATATGGATGGAAGAACATTGGTTTAGGATTGGATCAAAAAATAGGTGGACATGGAACTGTA')

何が問題になる可能性がありますか?

4

1 に答える 1

0

それは完全に間違っています。インターネット接続が失われたか、サーバーの応答が遅すぎた可能性があります。NCBI クエリ検索では、応答が返されるまでに少し時間がかかります。私は応答をかなり速く得ました。小さな変更でもう一度試してください。あなたにとってもうまくいくはずです:

>>> from Bio.Blast import NCBIWWW
>>> result_handle=NCBIWWW.qblast('blastn', 'nt', 'AGAAAGGGTATATAAAATCAAGAATCTGGGGTGTTTGTGTTGACTTGTATAATTCTTGATTTTTTCAGGTAGTTGAAAAGGTGGGAGAAAAGTGGAGAAGCCTAAGCTGATATTGAAATTCATATGGATGGAAGAACATTGGTTTAGGATTGGATCAAAAAATAGGTGGACATGGAACTGTA')
>>> result_handle
<cStringIO.StringI object at 0x7f3b3cad6718>

作業するオブジェクトが返されるはずです!

于 2014-03-21T16:58:32.753 に答える