r - R で BLAST SRA 関数を使用する

Question

私は R 初心者ですが、R のコマンド ラインから NCBI BLAST の SRA 機能を制御できますか? NCBI の Web サイトは信頼性が低いことで有名であり、ファイルのバッチを管理できるようにしたいと考えています。

Answer 1

ape と BoSSA パッケージを一緒に使用すると、必要なことが実行されるはずです。BoSSA には、blast API を呼び出して ape の DNAbin 形式を使用する blast 関数があります。