cluster-computing - XGridを介したBLASTの実行

Question

XGridでBLASTを実行した経験のある人はいますか？

グーグルは、「Xgrid BLAST」と呼ばれるツールが存在したことを明らかにしましたが、どこで入手できるかはわかりません。

Answer 1

BLAST は Xgrid に含まれています。「 Xgrid を使用した Mac OS X ベースのコンピュータのローカル グリッドの利用」からの引用:

Xgrid には、強力でカスタマイズ可能な汎用ジョブ送信インターフェイスと、NCBI BLAST ローカル アラインメント検索アルゴリズム ツールのインスタンスを実行する Xgrid テクノロジに基づく、完全に機能するグリッド対応アプリケーションである Xgrid BLAST が含まれています。

Xgrid をインストールすると/Applications/Xgrid BLAST.app、任意のクライアント コンピュータで開くことができます。

詳細については、次を参照してください。

• ユタ大学によるXgridインストール ドキュメント。
• NACS Research Computing Support Group によるBLAST ジョブの実行に Apple の xgrid を使用する方法
• エジンバラ大学進化生物学研究所の Blaxter Lab によるXgrid の基礎。BLAST ジョブを Xgrid に送信するためのサンプルPerl ファイルが含まれています。

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